PDB-7wwh: Crystal structure of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wwh

タイトル

Crystal structure of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl esterase GthFAE

要素

Alpha/beta hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase / Feruloyl esterase

機能・相同性

Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Yang, W. / Wu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure-guided rational design of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl esterase GthFAE to improve its thermostability.
著者: Yang, W. / Sun, L. / Dong, P. / Chen, Y. / Zhang, H. / Huang, X. / Wu, L. / Chen, L. / Jing, D. / Wu, Y.

履歴

登録	2022年2月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wwh.cif.gz	120.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wwh.ent.gz	90.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7wwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7wwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pf8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yp2-d 4lt4-d 4u36-d 4zu0-d 4d69-10 6loq-d 4irp-1 2e3s-d 7wwh-2 4ax1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase

B: Alpha/beta hydrolase

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha/beta hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: It was calculated by the PDBe PISA server that the molecules did not exhibit extensive contacts with each other.
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha/beta hydrolase

登録者が定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.038, 87.410, 69.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase 分子量: 28175.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parageobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 遺伝子: DV712_01095 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369WTY0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 41148 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.583 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 277606

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.91-1.94	6.2	0.505	1938	0.905	0.22	0.552	0.504	94.6
1.94-1.98	6.5	0.483	2034	0.925	0.206	0.526	0.51	95.6
1.98-2.02	6.6	0.374	2009	0.956	0.157	0.406	0.517	97.8
2.02-2.06	6.7	0.343	2023	0.962	0.142	0.372	0.537	98.4
2.06-2.1	6.8	0.298	2053	0.97	0.124	0.323	0.548	99.2
2.1-2.15	6.9	0.247	2078	0.985	0.102	0.268	0.578	99.6
2.15-2.2	6.8	0.215	2057	0.983	0.088	0.232	0.584	99.8
2.2-2.26	6.8	0.187	2079	0.986	0.077	0.203	0.62	99.6
2.26-2.33	6.7	0.163	2062	0.988	0.068	0.177	0.599	99.4
2.33-2.41	6.1	0.137	2046	0.99	0.06	0.15	0.591	97.6
2.41-2.49	6.7	0.131	2050	0.991	0.055	0.142	0.617	99.6
2.49-2.59	7.2	0.118	2069	0.993	0.047	0.127	0.615	99.9
2.59-2.71	7.1	0.101	2104	0.994	0.041	0.109	0.617	99.8
2.71-2.85	7.1	0.087	2085	0.995	0.035	0.094	0.622	99.8
2.85-3.03	7	0.076	2045	0.996	0.031	0.082	0.639	99.4
3.03-3.27	6.8	0.063	2083	0.996	0.026	0.068	0.624	99.3
3.27-3.59	6.1	0.052	2007	0.998	0.023	0.057	0.63	96.6
3.59-4.11	7.2	0.045	2094	0.998	0.018	0.049	0.608	99.7
4.11-5.18	7.1	0.04	2098	0.998	0.016	0.043	0.577	99.8
5.18-50	6.6	0.038	2134	0.999	0.015	0.041	0.501	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PF8

3pf8

解像度: 1.92→26.29 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	2035	4.95 %
R_work	0.1743	39063	-
obs	0.1758	41098	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.89 Å² / B_iso mean: 32.6405 Å² / B_iso min: 12.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.92→26.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	0	417	4365
B_iso mean	-	-	-	36.61	-
残基数	-	-	-	-	502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.92-1.96	0.2557	119	0.2099	2225	2344	86
1.96-2.01	0.2539	128	0.2067	2580	2708	97
2.01-2.07	0.2504	128	0.2006	2595	2723	98
2.07-2.13	0.2593	140	0.1906	2623	2763	99
2.13-2.2	0.2267	138	0.176	2653	2791	100
2.2-2.27	0.2112	154	0.1778	2601	2755	100
2.27-2.36	0.2158	125	0.1791	2622	2747	99
2.36-2.47	0.2421	134	0.1776	2639	2773	98
2.47-2.6	0.2262	139	0.1851	2639	2778	100
2.6-2.77	0.1997	145	0.1866	2624	2769	100
2.77-2.98	0.2264	146	0.1753	2628	2774	100
2.98-3.28	0.2273	140	0.1789	2674	2814	99
3.28-3.75	0.1664	139	0.1653	2568	2707	97
3.75-4.72	0.158	131	0.1466	2675	2806	100
4.72-26.29	0.1916	129	0.1761	2717	2846	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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