[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7wwh: Crystal structure of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wwh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl esterase GthFAE | ||||||
Components | Alpha/beta hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase / Feruloyl esterase | ||||||
Function / homology | Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Parageobacillus thermoglucosidasius (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Yang, W. / Wu, Y. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2022 Title: Structure-guided rational design of the Geobacillus thermoglucosidasius feruloyl esterase GthFAE to improve its thermostability. Authors: Yang, W. / Sun, L. / Dong, P. / Chen, Y. / Zhang, H. / Huang, X. / Wu, L. / Chen, L. / Jing, D. / Wu, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wwh.cif.gz | 120.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7wwh.ent.gz | 90.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wwh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7wwh_validation.pdf.gz | 430.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7wwh_full_validation.pdf.gz | 437.7 KB | Display | |
Data in XML | 7wwh_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7wwh_validation.cif.gz | 35.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7wwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7wwh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3pf8S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28175.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Parageobacillus thermoglucosidasius (bacteria) Gene: DV712_01095 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A369WTY0 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 45.38 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 20% PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17B1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: May 24, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.91→50 Å / Num. obs: 41148 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.583 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 277606 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3PF8 Resolution: 1.92→26.29 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / Phase error: 21.29 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.89 Å2 / Biso mean: 32.6405 Å2 / Biso min: 12.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→26.29 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
|