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- PDB-7wwf: Crystal structure of BioH3 from Mycolicibacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wwf
タイトルCrystal structure of BioH3 from Mycolicibacterium smegmatis
要素Esterase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Mycolicibacterium smegmatis / BioH3 / crystal
機能・相同性Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esterase
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Yang, J. / Xu, Y.C. / Gan, J.H. / Feng, Y.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171197 中国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Three enigmatic BioH isoenzymes are programmed in the early stage of mycobacterial biotin synthesis, an attractive anti-TB drug target.
著者: Xu, Y. / Yang, J. / Li, W. / Song, S. / Shi, Y. / Wu, L. / Sun, J. / Hou, M. / Wang, J. / Jia, X. / Zhang, H. / Huang, M. / Lu, T. / Gan, J. / Feng, Y.
履歴
登録2022年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase
D: Esterase
E: Esterase
F: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,71015
ポリマ－181,7066
非ポリマー1,0039
水4,342241
1
A: Esterase
B: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9035
ポリマ－60,5692
非ポリマー3343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
2
C: Esterase
D: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9035
ポリマ－60,5692
非ポリマー3343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
3
E: Esterase
F: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9035
ポリマ－60,5692
非ポリマー3343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.668, 65.830, 172.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Esterase


分子量: 30284.396 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: NCTC7017_02293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B4QLS5
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: PEG 3350, Citric acid / PH範囲: 8.7-8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→90.83 Å / Num. obs: 93409 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 319239 / Scaling rejects: 219
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.27-2.393.60.57349137137250.8250.3510.6742.3100
7.18-90.833.40.0411056430870.9970.0260.04932.897.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→45.63 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 4490 4.81 %
Rwork0.189 88808 -
obs0.1906 93298 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.08 Å2 / Biso mean: 41.7663 Å2 / Biso min: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12372 0 52 241 12665
Biso mean--53.47 40.21 -
残基数----1654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.27-2.30.3241580.274629603118100
2.3-2.320.2691480.27129533101100
2.32-2.350.34141510.264630333184100
2.35-2.380.27651430.249929283071100
2.38-2.410.29491610.253630083169100
2.41-2.450.29231690.242829583127100
2.45-2.480.30481520.237429733125100
2.48-2.520.28711540.234629823136100
2.52-2.560.28111600.244829823142100
2.56-2.60.27841360.240729803116100
2.6-2.640.30951390.249730503189100
2.64-2.690.29291100.2461993210368
2.69-2.740.2831510.232630263177100
2.74-2.80.28061620.223429633125100
2.8-2.860.24111570.218829993156100
2.86-2.930.26261470.222529613108100
2.93-30.24231390.23130163155100
3-3.080.25971480.22430103158100
3.08-3.170.28321560.230229833139100
3.17-3.270.25751330.223032316599
3.27-3.390.25511600.20972969312999
3.39-3.530.25021440.1933008315299
3.53-3.690.2331460.18992998314499
3.69-3.880.20711400.1673016315699
3.88-4.120.17411480.15352978312699
4.12-4.440.14371520.13282993314599
4.44-4.890.15051650.13822976314198
4.89-5.60.1631540.14733014316899
5.6-7.040.18061530.16283013316698
7.05-45.630.17951540.1413053320796
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 75.0405 Å / Origin y: -13.4704 Å / Origin z: 135.5625 Å
111213212223313233
T0.2772 Å2-0.0453 Å20.0178 Å2-0.2497 Å20.0288 Å2--0.2256 Å2
L0.1165 °2-0.018 °20.0003 °2-0.1381 °20.0136 °2--0.1981 °2
S-0.0364 Å °0.0085 Å °-0.0331 Å °0.0107 Å °-0.0083 Å °0.01 Å °0.0291 Å °0.016 Å °0.0441 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 282
2X-RAY DIFFRACTION1allB8 - 282
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 282
4X-RAY DIFFRACTION1allD8 - 282
5X-RAY DIFFRACTION1allE8 - 282
6X-RAY DIFFRACTION1allF8 - 282
7X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 3
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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