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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ww6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MutT-8-oxo-dGTP complex: Reaction for 20 min in 5 mM Mn2+ | ||||||
要素 | 7,8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Nudix hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.36 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, T. / Yamagata, Y. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Visualization of mutagenic nucleotide processing by Escherichia coli MutT, a Nudix hydrolase. 著者: Nakamura, T. / Yamagata, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ww6.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ww6.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ww6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ww6_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ww6_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ww6_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ww6_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7ww6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/7ww6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ww5C 7ww7C 7ww8C 7ww9C 7wwaC 7x9hC 7x9iC 7x9jC 7x9kC 7x9lC 7x9nC 7x9oC 3a6tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14945.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A037YRW7, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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#2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 5種, 146分子
#3: 化合物 | ChemComp-8DG / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: potassium sodium tartrate, sodium citrate, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→40.66 Å / Num. obs: 27789 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 11.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.623 / Num. unique obs: 27789 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3A6T 解像度: 1.36→40.66 Å / SU ML: 0.141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2887 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→40.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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