PDB-7wuw: Crystal structure of AziU3/U2 from Streptomyces sahachiroi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wuw

タイトル

Crystal structure of AziU3/U2 from Streptomyces sahachiroi

要素

AziU2
AziU3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / New Fold / Aziridine synthase / Azinomycin B

機能・相同性

Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Butirosin biosynthesis protein H, N-terminal / Azi28 / Azi29

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sahachiroi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kurosawa, S. / Yoshida, A. / Tomita, T. / Nishiyama, M.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination.
著者: Kurosawa, S. / Hasebe, F. / Okamura, H. / Yoshida, A. / Matsuda, K. / Sone, Y. / Tomita, T. / Shinada, T. / Takikawa, H. / Kuzuyama, T. / Kosono, S. / Nishiyama, M.

履歴

登録	2022年2月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wuw.cif.gz	403.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wuw.ent.gz	330.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wuw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wuw_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wuw_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	7wuw_validation.xml.gz	47.1 KB	表示
CIF形式データ	7wuw_validation.cif.gz	70.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wuxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AziU2

B: AziU2

C: AziU3

D: AziU3

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.851, 132.203, 157.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AziU2 / Azi28 分子量: 25401.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC0
#2: タンパク質	AziU3 / Azi29 分子量: 38937.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: B4XYC1
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium formic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.711 Å / Num. obs: 115932 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5707 / CC_1/2: 0.824 / R_rim(I) all: 0.861 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→48.711 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	5707	4.927 %
R_work	0.169	110131	-
all	0.17	-	-
obs	-	115838	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.401 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.775 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.245 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.711 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8159	0	16	1032	9207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	8522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.638	11681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.321	1.568	17735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.525	5	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.157	20	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.796	15	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.928	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.061	0.2	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.632	1.982	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.63	1.982	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.075	2.968	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.076	2.969	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.801	2.07	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.801	2.071	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.317	3.075	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.317	3.076	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.427	24.072	9734
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.136	23.311	9416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.276	431	0.239	8010	X-RAY DIFFRACTION	99.8935
1.795-1.845	0.234	461	0.221	7849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.898	0.233	396	0.209	7640	X-RAY DIFFRACTION	99.9876
1.898-1.956	0.238	366	0.201	7460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.021	0.212	336	0.185	7219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.021-2.092	0.218	380	0.178	6938	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
2.092-2.17	0.201	345	0.171	6749	X-RAY DIFFRACTION	99.9296
2.17-2.259	0.196	297	0.161	6504	X-RAY DIFFRACTION	99.8825
2.259-2.36	0.198	304	0.16	6259	X-RAY DIFFRACTION	99.9239
2.36-2.475	0.196	328	0.161	5959	X-RAY DIFFRACTION	99.9841
2.475-2.608	0.217	315	0.172	5677	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
2.608-2.767	0.213	261	0.159	5402	X-RAY DIFFRACTION	99.9823
2.767-2.958	0.197	251	0.168	5076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.958-3.194	0.181	258	0.164	4741	X-RAY DIFFRACTION	99.8402
3.194-3.499	0.187	222	0.163	4375	X-RAY DIFFRACTION	99.9565
3.499-3.912	0.169	230	0.154	3968	X-RAY DIFFRACTION	99.9286
3.912-4.517	0.144	172	0.14	3531	X-RAY DIFFRACTION	99.946
4.517-5.531	0.174	167	0.151	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
5.531-7.817	0.183	125	0.177	2375	X-RAY DIFFRACTION	99.8801
7.817-48.711	0.2	62	0.172	1379	X-RAY DIFFRACTION	98.2947

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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