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- PDB-7wua: Crystal structures of FadD32 from Corynebacterium diphtheriae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wua
タイトルCrystal structures of FadD32 from Corynebacterium diphtheriae
要素Acyl-CoA synthase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Fatty acid coa ligase
機能・相同性PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ミリスチン酸 / :
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Liu, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of FadD32 and pks13-ACP domain from Corynebacterium diphtheriae
著者: Chen, R. / Yuan, J. / Shi, X. / Tang, W.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA synthase
B: Acyl-CoA synthase
C: Acyl-CoA synthase
D: Acyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,69514
ポリマ－262,7084
非ポリマー2,98710
水34,8231933
1
A: Acyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4364
ポリマ－65,6771
非ポリマー7593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
B: Acyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4364
ポリマ－65,6771
非ポリマー7593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
3
C: Acyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4123
ポリマ－65,6771
非ポリマー7352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
4
D: Acyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4123
ポリマ－65,6771
非ポリマー7352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.647, 97.535, 142.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acyl-CoA synthase


分子量: 65676.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: CIP107532_02306 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A679LZK7
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 % / Mosaicity: 0.287 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M (NH4)2SO4 , VAPOR DIFFUSION, Sitting DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9783 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 198544 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.034.70.64498270.7350.330.7250.76399.7
2.03-2.074.60.53798890.7530.2780.6070.83599.8
2.07-2.114.40.46598700.8090.2480.5290.8499.8
2.11-2.154.70.42899050.8610.2180.4820.85199.8
2.15-2.24.70.36398400.8870.1860.4090.87399.8
2.2-2.254.50.31999190.8960.1670.3620.99499.7
2.25-2.314.90.29299030.9260.1450.3270.93199.9
2.31-2.374.90.24898280.9410.1240.2780.94699.3
2.37-2.444.90.22398840.9480.1120.250.94299.9
2.44-2.524.80.19299180.9570.0970.2160.945100
2.52-2.614.70.17399410.9640.0880.1950.955100
2.61-2.714.50.15299490.9670.080.1730.964100
2.71-2.844.80.13698960.9750.0690.1520.946100
2.84-2.994.60.12498980.9760.0640.140.934100
2.99-3.1750.11699650.9790.0580.130.987100
3.17-3.424.90.10599550.9810.0530.1180.986100
3.42-3.764.70.1100050.9830.0520.1131.06599.9
3.76-4.314.60.09499750.9840.0490.1061.0399.9
4.31-5.434.80.089100370.9860.0450.10.95599.9
5.43-504.60.081101400.9910.0420.0920.84799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5hm3

5hm3


解像度: 1.999→46.099 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 9562 4.94 %
Rwork0.1849 184045 -
obs0.1868 193607 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.2 Å2 / Biso mean: 28.1692 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→46.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17485 0 350 1933 19768
Biso mean--31.54 34.17 -
残基数----2283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.999-2.02160.28632020.251412666
2.0216-2.04540.29792750.2357517682
2.0454-2.07040.28962940.2309559489
2.0704-2.09660.29152990.2225576092
2.0966-2.12420.26613070.2166610996
2.1242-2.15330.25673200.2059622099
2.1533-2.1840.23913430.2012618499
2.184-2.21660.26343410.1942620999
2.2166-2.25130.2453440.1969616499
2.2513-2.28820.2463230.26267100
2.2882-2.32760.25073290.19196299100
2.3276-2.36990.25433150.1826620699
2.3699-2.41550.22853250.18666298100
2.4155-2.46480.23163140.18626285100
2.4648-2.51840.24962930.18216328100
2.5184-2.5770.24343090.1856322100
2.577-2.64140.21493440.18886251100
2.6414-2.71280.24063130.18826324100
2.7128-2.79270.24723250.18846267100
2.7927-2.88280.22793390.19456268100
2.8828-2.98580.24523390.19756302100
2.9858-3.10530.26173620.19636329100
3.1053-3.24660.2093460.18566294100
3.2466-3.41770.20723090.17896305100
3.4177-3.63180.22863490.17566329100
3.6318-3.91210.19333300.16146321100
3.9121-4.30550.15943190.15476337100
4.3055-4.92790.16883150.15016371100
4.9279-6.20620.20463190.18396382100
6.2062-46.0990.22763200.2021641898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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