PDB-7wu8: Crystal structure of Harmonin-homology domain 2 (HHD2) of human RTEL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wu8

タイトル

Crystal structure of Harmonin-homology domain 2 (HHD2) of human RTEL1

要素

Regulator of telomere elongation helicase 1

キーワード

PROTEIN BINDING / RTEL1 / Harmonin homology domain 2 / Protein-protein interaction / Protein-DNA interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand displacement / telomeric loop disassembly / negative regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of telomeric loop disassembly / Isomerases; Isomerases altering macromolecular conformation; Enzymes altering nucleic acid conformation / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / negative regulation of t-circle formation / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of DNA recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Kumar, N. / Rothweiler, U. / Singh, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Harmonin homology domain-mediated interaction of RTEL1 helicase with RPA and DNA provides insights into its recruitment to DNA repair sites.
著者: Kumar, N. / Taneja, A. / Ghosh, M. / Rothweiler, U. / Sundaresan, N.R. / Singh, M.

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wu8.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wu8.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulator of telomere elongation helicase 1

B: Regulator of telomere elongation helicase 1

C: Regulator of telomere elongation helicase 1

D: Regulator of telomere elongation helicase 1

E: Regulator of telomere elongation helicase 1

F: Regulator of telomere elongation helicase 1

G: Regulator of telomere elongation helicase 1

74.5 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
10.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Regulator of telomere elongation helicase 1

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.640, 60.960, 79.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Regulator of telomere elongation helicase 1 / Novel helicase-like 分子量: 10637.021 Da / 分子数: 7 / 断片: HHD2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTEL1, C20orf41, KIAA1088, NHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZ71, DNA helicase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / 解説: Needle shaped crystal
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 20mM Tris pH7.4, 250mM NaCl, 5% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日 / 詳細: Toroidal mirror

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.599→48.336 Å / Num. obs: 80150 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 31.52 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 13.48

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.599-1.6	1.73	12698	0.802	0.64	1	95.3
1.6-1.7	2.79	12011	0.915	0.425	1	96.1
1.7-1.81	4.86	11261	0.97	0.241	1	96.4
1.81-1.96	9.18	10420	0.989	0.133	1	97
1.96-2.14	14.36	9475	0.995	0.086	1	97.3
2.14-2.4	20.41	8400	0.997	0.059	1	97.5
2.4-2.77	30.3	7150	0.999	0.041	1	97.9
2.77-3.39	39.82	5588	0.999	0.031	1
3.39-4.78	40.78	3147	0.999	0.03	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	February 5, 2021	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	February 5, 2021	データ削減
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF-Q9NZ71-F1

解像度: 1.599→48.156 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.177 / Average fsc free: 0.9054 / Average fsc work: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2012	2100	2.62 %
R_work	0.1765	78046	-
all	0.177	-	-
obs	-	80146	96.76 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.133 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.174 Å²	-0 Å²	1.443 Å²
2-	-	0.144 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.592 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→48.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4388	0	0	735	5123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	4483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.895	1.643	6078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.34	1.583	9689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.576	5	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.695	20.478	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.978	15	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.823	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.657	2.585	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.649	2.583	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.756	3.855	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.758	3.856	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.848	3.03	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.847	3.032	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.872	4.374	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.871	4.376	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.214	33.472	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.992	32.28	5174

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.599-1.641	0.317	150	0.279	5592	0.28	6079	0.745	0.766	94.4563	0.268
1.641-1.686	0.311	149	0.262	5544	0.263	5953	0.792	0.821	95.6325	0.248
1.686-1.735	0.286	145	0.243	5371	0.244	5747	0.847	0.852	95.9805	0.226
1.735-1.788	0.26	142	0.226	5268	0.227	5626	0.887	0.885	96.1607	0.206
1.788-1.846	0.257	137	0.216	5095	0.217	5425	0.878	0.901	96.4424	0.193
1.846-1.911	0.266	133	0.201	4940	0.203	5255	0.906	0.917	96.5366	0.178
1.911-1.983	0.22	128	0.188	4770	0.189	5084	0.939	0.938	96.3415	0.168
1.983-2.064	0.188	124	0.175	4610	0.175	4885	0.944	0.947	96.9089	0.158
2.064-2.156	0.195	119	0.167	4440	0.168	4688	0.944	0.955	97.2483	0.155
2.156-2.261	0.189	116	0.16	4287	0.161	4529	0.957	0.955	97.2179	0.147
2.261-2.383	0.209	108	0.155	4021	0.156	4239	0.943	0.958	97.405	0.144
2.383-2.527	0.193	104	0.158	3867	0.159	4092	0.957	0.963	97.043	0.151
2.527-2.701	0.185	97	0.158	3610	0.159	3790	0.953	0.962	97.81	0.155
2.701-2.916	0.201	91	0.169	3382	0.169	3545	0.953	0.957	97.969	0.167
2.916-3.193	0.186	85	0.165	3148	0.166	3299	0.952	0.963	97.9994	0.17
3.193-3.568	0.205	75	0.173	2810	0.174	2957	0.948	0.957	97.5651	0.182
3.568-4.117	0.157	68	0.149	2519	0.149	2637	0.965	0.972	98.1039	0.165
4.117-5.033	0.147	58	0.164	2154	0.163	2248	0.974	0.971	98.3986	0.187
5.033-7.079	0.261	44	0.236	1651	0.237	1730	0.928	0.946	97.9769	0.265
7.079-48.156	0.187	27	0.178	968	0.178	1019	0.963	0.962	97.6448	0.23

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