PDB-7wqy: Crystal structure of grass carp ARF1-GDP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wqy

タイトル

Crystal structure of grass carp ARF1-GDP complex

要素

ARF1

キーワード

CELL INVASION / grass carp / GTPase / ARF1

機能・相同性

GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Ouyang, S. / Chang, M. / Li, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of grass carp ARF1
著者: Ouyang, S. / Chang, M. / Li, P.

履歴

登録	2022年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wqy.cif.gz	146.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wqy.ent.gz	115.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wqy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wqy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7wqy_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	7wqy_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/7wqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/7wqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bh7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ARF1

B: ARF1

ヘテロ分子

42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ARF1

ヘテロ分子

B: ARF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.571, 43.688, 87.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ARF1 分子量: 20626.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 22% polyethylene glycol 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→18.11 Å / Num. obs: 24332 / % possible obs: 95.82 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.65
反射シェル	解像度: 1.95→2.023 Å / Num. unique obs: 2167 / CC_1/2: 0.936

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BH7

3bh7

解像度: 1.95→18.11 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	1985	8.16 %
R_work	0.1864	22338	-
obs	0.1903	24323	95.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.47 Å² / B_iso mean: 29.6778 Å² / B_iso min: 4.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→18.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2755	0	78	218	3051
B_iso mean	-	-	20.61	31.44	-
残基数	-	-	-	-	345

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-2	0.2878	136	0.2216	1322	1458	82
2-2.06	0.2803	135	0.2254	1620	1755	98
2.06-2.12	0.3149	133	0.229	1616	1749	98
2.12-2.18	0.2696	142	0.2113	1657	1799	99
2.18-2.26	0.2992	121	0.2109	1242	1363	77
2.26-2.35	0.2653	140	0.2074	1620	1760	98
2.35-2.46	0.2484	132	0.199	1657	1789	99
2.46-2.59	0.2404	154	0.1873	1638	1792	99
2.59-2.75	0.2349	149	0.1913	1606	1755	98
2.75-2.96	0.2122	144	0.195	1665	1809	99
2.96-3.26	0.2445	150	0.1842	1641	1791	99
3.26-3.73	0.2061	146	0.1713	1665	1811	99
3.73-4.68	0.1844	149	0.1512	1673	1822	99
4.68-18.11	0.2297	154	0.1772	1716	1870	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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