PDB-7wq9: Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z-I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wq9

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z-IETD-FMK

要素

3C-like proteinase
Z-IETD-FMK

キーワード

VIRAL PROTEIN / main protease / 3C-like protease

機能・相同性

機能・相同性情報

protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / : / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.054 Å

データ登録者

Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Tsai, C.L. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Z-IETD-FMK
著者: Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Tsai, C.L. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wq9.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wq9.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wq9_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wq9_full_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示
XML形式データ	7wq9_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	7wq9_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/7wq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/7wq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lu7S 6y2eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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wwPDB /

NCBI

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#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (2)
#242 - 2020年2月
コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3C-like proteinase

B: Z-IETD-FMK

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C-like proteinase

B: Z-IETD-FMK

A: 3C-like proteinase

B: Z-IETD-FMK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.387, 55.248, 46.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.516, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp 分子量: 33882.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド	Z-IETD-FMK 分子量: 654.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.054→30 Å / Num. obs: 17239 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.47
反射シェル	解像度: 2.054→2.13 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1714 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y2E, 6LU7

6y2e

6lu7

解像度: 2.054→21.594 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 5.57 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	835	5.247 %
R_work	0.2097	15783	-
all	0.212	-	-
obs	-	16657	95.79 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.241 Å²	-0 Å²	-0.314 Å²
2-	-	0.442 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.068 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.054→21.594 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	0	78	2452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.663	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.3	1.569	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.253	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.602	23.193	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.877	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	20.701	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.673	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.482	2.881	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.478	2.879	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.727	4.307	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.727	4.31	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.939	3.238	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.861	3.213	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.569	4.725	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.468	4.695	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.54	34.396	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.484	33.89	2586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.054-2.107	0.35	37	0.271	747	X-RAY DIFFRACTION	63.9478
2.107-2.165	0.26	60	0.257	1002	X-RAY DIFFRACTION	85.3698
2.165-2.227	0.291	59	0.252	1131	X-RAY DIFFRACTION	98.1039
2.227-2.295	0.264	52	0.241	1140	X-RAY DIFFRACTION	99.8325
2.295-2.37	0.258	68	0.223	1059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.453	0.227	46	0.212	1046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.545	0.316	48	0.224	1015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.648	0.286	67	0.229	958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.648-2.765	0.286	53	0.214	938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.765-2.898	0.298	50	0.213	888	X-RAY DIFFRACTION	99.8935
2.898-3.054	0.324	42	0.217	857	X-RAY DIFFRACTION	99.8889
3.054-3.237	0.234	49	0.216	796	X-RAY DIFFRACTION	99.8818
3.237-3.457	0.27	42	0.19	763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.457-3.73	0.227	54	0.196	682	X-RAY DIFFRACTION	99.4595
3.73-4.08	0.184	34	0.188	658	X-RAY DIFFRACTION	99.7118
4.08-4.551	0.193	33	0.176	581	X-RAY DIFFRACTION	98.5554
4.551-5.235	0.193	28	0.175	534	X-RAY DIFFRACTION	98.7698
5.235-6.363	0.299	23	0.223	441	X-RAY DIFFRACTION	98.3051
6.363-8.803	0.206	18	0.184	355	X-RAY DIFFRACTION	97.9003
8.803-21.594	0.194	11	0.236	192	X-RAY DIFFRACTION	87.1245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)