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万見
- PDB-7wpy: AndA_M119A_N121V variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wpy
タイトルAndA_M119A_N121V variant
要素Dioxygenase andA
キーワードOXIDOREDUCTASE / non heme iron 2-oxoglutarate dependent dioxygenase / meroterpenoid
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / terpenoid biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dioxygenase andA
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus stellatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Mori, T. / Chen, H. / Abe, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: AndA_M119A_N121V variant
著者: Mori, T. / Chen, H. / Abe, I.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioxygenase andA
B: Dioxygenase andA
C: Dioxygenase andA
D: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7888
ポリマ－134,5654
非ポリマー2234
水6,756375
1
A: Dioxygenase andA
C: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3944
ポリマ－67,2822
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
2
B: Dioxygenase andA
ヘテロ分子

D: Dioxygenase andA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3944
ポリマ－67,2822
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.517, 73.763, 97.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Dioxygenase andA / Anditomin synthesis protein A


分子量: 33641.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus stellatus (カビ) / 遺伝子: andA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.52 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28% PEG3350, 0.2 M LiCl, 5% DMF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.74 Å / Num. obs: 48937 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4453 / CC1/2: 0.739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZM2

5zm2


解像度: 2.25→40.45 Å / SU ML: 0.2293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8985
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2017 4.13 %
Rwork0.1879 46867 -
obs0.1901 48884 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8234 0 4 375 8613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.898411427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05161274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.24421145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.310.28411520.22953292X-RAY DIFFRACTION99.97
2.31-2.370.26691360.2173340X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.440.28651390.23193304X-RAY DIFFRACTION99.91
2.44-2.520.25421380.20883374X-RAY DIFFRACTION99.91
2.52-2.610.3041400.21643326X-RAY DIFFRACTION99.86
2.61-2.710.29011510.21353360X-RAY DIFFRACTION99.83
2.71-2.830.26151430.21983329X-RAY DIFFRACTION99.94
2.83-2.980.26071430.20213352X-RAY DIFFRACTION99.89
2.98-3.170.26861420.20523341X-RAY DIFFRACTION99.97
3.17-3.420.27331420.18953353X-RAY DIFFRACTION99.94
3.42-3.760.28541410.17573353X-RAY DIFFRACTION99.77
3.76-4.30.22291480.16043380X-RAY DIFFRACTION99.75
4.3-5.420.16981470.15473363X-RAY DIFFRACTION99.52
5.42-40.450.20961550.18433400X-RAY DIFFRACTION98.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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