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万見
- PDB-7wnt: RNase J from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnt
タイトルRNase J from Mycobacterium tuberculosis
要素Ribonuclease J
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / beta-lactamase / beta-lactamase activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / : / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain ...Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / : / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Li, J. / Bao, L. / Hu, J. / Zhan, B. / Li, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500600 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into RNase J that plays an essential role in Mycobacterium tuberculosis RNA metabolism
著者: Bao, L. / Hu, J. / Zhan, B. / Chi, M. / Li, Z. / Wang, S. / Shan, C. / Zhao, Z. / Guo, Y. / Ding, X. / Ji, C. / Tao, S. / Ni, T. / Zhang, X. / Zhao, G. / Li, J.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7323
ポリマ－59,6011
非ポリマー1312
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.520, 128.520, 184.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-741-

HOH

21A-785-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease J / RNase J / Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 59601.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: rnj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGZ9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5) 4.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→47.64 Å / Num. obs: 33845 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 58.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01581 / Net I/σ(I): 22.93
反射 シェル解像度: 2.44→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.2589 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 3269

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.13_2998データ削減
XDS1.13_2998データスケーリング
PHENIX1.10-2155-000位相決定
PHENIX1.10-2155-000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZQ4

3zq4


解像度: 2.44→47.64 Å / SU ML: 0.3608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3153 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1628 4.82 %
Rwork0.2193 32165 -
obs0.2208 33793 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 2 86 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02555379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0666643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.74771422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.520.37861170.33252585X-RAY DIFFRACTION98.08
2.52-2.60.32321270.30522636X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.690.35721350.30082628X-RAY DIFFRACTION99.93
2.69-2.80.36561440.28852641X-RAY DIFFRACTION99.86
2.8-2.930.32861360.28682641X-RAY DIFFRACTION99.89
2.93-3.080.34481410.28382630X-RAY DIFFRACTION99.75
3.08-3.270.31091460.25832646X-RAY DIFFRACTION99.79
3.27-3.530.28541350.2232668X-RAY DIFFRACTION99.61
3.53-3.880.23311360.20212682X-RAY DIFFRACTION99.75
3.88-4.440.19041250.1832734X-RAY DIFFRACTION99.79
4.44-5.590.20561430.17922746X-RAY DIFFRACTION99.86
5.59-47.640.21161430.20132928X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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