PDB-7wnp: Crystallographic structure of copper amine oxidase from Arthrobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wnp

タイトル

Crystallographic structure of copper amine oxidase from Arthrobacter glibiformis at pD 7.4 determined by both X-ray and neutron diffraction data at 1.72 angstrom resolution.

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / topaquinone / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Okajima, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Re-evaluation of protein neutron crystallography with and without X-ray/neutron joint refinement.
著者: Murakawa, T. / Kurihara, K. / Adachi, M. / Kusaka, K. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2022年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wnp.cif.gz	315.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wnp.ent.gz	270.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wnp_validation.pdf.gz	394.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wnp_full_validation.pdf.gz	394.7 KB	表示
XML形式データ	7wnp_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7wnp_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/7wnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/7wnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wnoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

69.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

X: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.206, 61.979, 92.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-1014- DOD
2	1	X-1188- DOD
3	1	X-1383- DOD
4	1	X-1518- DOD
5	1	X-1552- DOD
6	1	X-1661- DOD
7	1	X-1686- DOD

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68993.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 詳細: 1.05-M potassium sodium (Na) tartrate in 25-mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid buffer.

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	1	3.0-5.7
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
iBIX	1	DIFFRACTOMETER	2015年11月10日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2016年5月31日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3	1
2	5.7	1
3	1	1

反射

Entry-ID: 7WNP

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_pim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)	CC star	R_sym value
1.72-20.94	76306	87.4	2.6639	0.1249	1	4.99
1.72-50	161381	93.1	1.91256		2	9.27	0.995	0.053

反射シェル

解像度: 1.72→1.82 Å / Num. unique obs: 25457 / R_sym value: 0.233

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

% reflection R_free: 5 % / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 多重同系置換 / 位相誤差: 19.57 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.72-32.06	X-RAY DIFFRACTION	100.77	23.6234	6.94	0.1894	0.1551	0.1569	4296	81568	85864	97.19	2	1.35
1.72-21	NEUTRON DIFFRACTION				0.2348	0.1888	0.1912	3809		76237	86.52	1	0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.72→32.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4868	0	2	2860	7730
B_iso mean	-	-	13.6	33.59	-
残基数	-	-	-	-	620

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Num. reflection all	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3595	75	0.3194	1407	NEUTRON DIFFRACTION	1482	27	46
1.74-1.76	0.3223	107	0.3136	2025	NEUTRON DIFFRACTION	2132	27	66
1.76-1.79	0.3106	113	0.31	2169	NEUTRON DIFFRACTION	2282	27	71
1.79-1.81	0.3728	122	0.297	2315	NEUTRON DIFFRACTION	2437	27	75
1.81-1.84	0.3311	127	0.2833	2402	NEUTRON DIFFRACTION	2529	27	78
1.84-1.87	0.3179	126	0.279	2396	NEUTRON DIFFRACTION	2522	27	78
1.87-1.9	0.292	127	0.2718	2437	NEUTRON DIFFRACTION	2564	27	80
1.9-1.93	0.3483	134	0.2658	2553	NEUTRON DIFFRACTION	2687	27	82
1.93-1.96	0.2681	137	0.2578	2590	NEUTRON DIFFRACTION	2727	27	84
1.96-2	0.2983	139	0.2446	2637	NEUTRON DIFFRACTION	2776	27	86
2-2.04	0.3068	143	0.2324	2717	NEUTRON DIFFRACTION	2860	27	89
2.04-2.09	0.2876	146	0.2223	2760	NEUTRON DIFFRACTION	2906	27	90
2.09-2.14	0.2496	150	0.2032	2866	NEUTRON DIFFRACTION	3016	27	92
2.14-2.19	0.2343	150	0.2008	2880	NEUTRON DIFFRACTION	3030	27	94
2.19-2.25	0.2367	150	0.1973	2817	NEUTRON DIFFRACTION	2967	27	91
2.25-2.32	0.2489	147	0.1859	2846	NEUTRON DIFFRACTION	2993	27	92
2.32-2.39	0.2169	156	0.1737	2953	NEUTRON DIFFRACTION	3109	27	95
2.39-2.48	0.2731	155	0.1657	2969	NEUTRON DIFFRACTION	3124	27	96
2.48-2.57	0.22	158	0.1641	2987	NEUTRON DIFFRACTION	3145	27	96
2.57-2.69	0.2158	157	0.1705	2995	NEUTRON DIFFRACTION	3152	27	97
2.69-2.83	0.2402	160	0.1702	3052	NEUTRON DIFFRACTION	3212	27	98
2.83-3.01	0.2122	161	0.1695	3067	NEUTRON DIFFRACTION	3228	27	98
3.01-3.24	0.2071	160	0.1614	3045	NEUTRON DIFFRACTION	3205	27	98
3.24-3.57	0.1698	158	0.1401	2996	NEUTRON DIFFRACTION	3154	27	96
3.57-4.08	0.1763	157	0.1265	3002	NEUTRON DIFFRACTION	3159	27	96
4.08-5.13	0.1614	154	0.1267	2896	NEUTRON DIFFRACTION	3050	27	92
5.13-21	0.2035	140	0.1608	2649	NEUTRON DIFFRACTION	2789	27	82
1.72-1.73	0.31	113	0.2475	2138	X-RAY DIFFRACTION	2251	30	78
1.73-1.76	0.2845	143	0.2341	2735	X-RAY DIFFRACTION	2878	30	99
1.76-1.78	0.2754	145	0.2155	2749	X-RAY DIFFRACTION	2894	30	98
1.78-1.8	0.2992	146	0.2168	2772	X-RAY DIFFRACTION	2918	30	99
1.8-1.82	0.2659	144	0.2133	2719	X-RAY DIFFRACTION	2863	30	98
1.82-1.85	0.2398	146	0.1979	2758	X-RAY DIFFRACTION	2904	30	100
1.85-1.87	0.2181	144	0.1821	2761	X-RAY DIFFRACTION	2905	30	99
1.87-1.9	0.2296	144	0.1798	2713	X-RAY DIFFRACTION	2857	30	99
1.9-1.93	0.2488	145	0.184	2781	X-RAY DIFFRACTION	2926	30	98
1.93-1.96	0.2153	144	0.182	2725	X-RAY DIFFRACTION	2869	30	98
1.96-2	0.2161	144	0.1803	2751	X-RAY DIFFRACTION	2895	30	99
2-2.03	0.2308	144	0.1788	2727	X-RAY DIFFRACTION	2871	30	99
2.03-2.07	0.2232	144	0.1811	2757	X-RAY DIFFRACTION	2901	30	98
2.07-2.12	0.2026	146	0.1768	2735	X-RAY DIFFRACTION	2881	30	99
2.12-2.16	0.2064	144	0.1622	2737	X-RAY DIFFRACTION	2881	30	98
2.16-2.21	0.1764	146	0.1597	2779	X-RAY DIFFRACTION	2925	30	99
2.21-2.27	0.1895	145	0.1559	2749	X-RAY DIFFRACTION	2894	30	99
2.27-2.33	0.1846	144	0.1511	2727	X-RAY DIFFRACTION	2871	30	98
2.33-2.4	0.1782	145	0.1556	2775	X-RAY DIFFRACTION	2920	30	99
2.4-2.47	0.2235	147	0.1558	2801	X-RAY DIFFRACTION	2948	30	99
2.47-2.56	0.2026	147	0.1517	2763	X-RAY DIFFRACTION	2910	30	99
2.56-2.66	0.204	145	0.1611	2780	X-RAY DIFFRACTION	2925	30	99
2.66-2.79	0.1974	147	0.1547	2769	X-RAY DIFFRACTION	2916	30	99
2.79-2.93	0.2062	146	0.1597	2772	X-RAY DIFFRACTION	2918	30	99
2.93-3.12	0.1875	144	0.1579	2750	X-RAY DIFFRACTION	2894	30	98
3.12-3.36	0.1744	143	0.139	2723	X-RAY DIFFRACTION	2866	30	97
3.36-3.69	0.1369	144	0.1184	2721	X-RAY DIFFRACTION	2865	30	96
3.69-4.23	0.1318	141	0.1158	2696	X-RAY DIFFRACTION	2837	30	95
4.23-5.32	0.1534	142	0.1149	2669	X-RAY DIFFRACTION	2811	30	94
5.32-32.06	0.176	134	0.1745	2536	X-RAY DIFFRACTION	2670	30	87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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