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万見
- PDB-7wmp: Tail structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wmp
タイトルTail structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30
要素
  • Adaptor protein gp12
  • Nozzle protein gp25
  • Portal protein
キーワードVIRAL PROTEIN / PHAGE / PHAGE TAIL / CRYOEM / VIRUS
機能・相同性symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral capsid / Uncharacterized protein / Phage protein / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter phage KHP30 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kamiya, R. / Uchiyama, J. / Matsuzaki, S. / Murata, K. / Iwasaki, K. / Miyazaki, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K18521 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06154 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori bacteriophage KHP30
著者: Kamiya, R. / Uchiyama, J. / Matsuzaki, S. / Murata, K. / Iwasaki, K. / Miyazaki, N.
履歴
登録2022年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Portal protein
b: Portal protein
c: Portal protein
d: Portal protein
e: Portal protein
f: Portal protein
g: Portal protein
h: Portal protein
i: Portal protein
j: Portal protein
k: Portal protein
l: Portal protein
m: Adaptor protein gp12
n: Adaptor protein gp12
o: Adaptor protein gp12
p: Adaptor protein gp12
q: Adaptor protein gp12
r: Adaptor protein gp12
s: Adaptor protein gp12
t: Adaptor protein gp12
u: Adaptor protein gp12
v: Adaptor protein gp12
w: Adaptor protein gp12
x: Adaptor protein gp12
A: Nozzle protein gp25
B: Nozzle protein gp25
C: Nozzle protein gp25
D: Nozzle protein gp25
E: Nozzle protein gp25
F: Nozzle protein gp25
G: Nozzle protein gp25
H: Nozzle protein gp25
I: Nozzle protein gp25
J: Nozzle protein gp25
K: Nozzle protein gp25
L: Nozzle protein gp25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,463,83036
ポリマ－1,463,83036
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Portal protein / Head-to-tail connector gp8 / Putative portal protein ORF17


分子量: 69634.734 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter phage KHP30 (ファージ) / 参照: UniProt: I7HHN4
#2: タンパク質
Adaptor protein gp12


分子量: 22609.309 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter phage KHP30 (ファージ) / 参照: UniProt: I7HHN3
#3: タンパク質
Nozzle protein gp25


分子量: 29741.775 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter phage KHP30 (ファージ) / 参照: UniProt: I7HFX1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helicobacter phage KHP / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Helicobacter phage KHP (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
ウイルス殻名称: Head / 直径: 700 nm / 三角数 (T数): 9
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 32655
対称性点対称性: C12 (12回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27422 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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