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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wm3 | ||||||
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タイトル | hnRNP A2/B1 RRMs in complex with single-stranded DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / homodimerization / U-shaped structured DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding ...positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / カハール体 / mRNA export from nucleus / pre-mRNA intronic binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / catalytic step 2 spliceosome / molecular condensate scaffold activity / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Abula, A. / Liu, Y. / Guo, H. / Li, T. / Ji, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structural Insight Into hnRNP A2/B1 Homodimerization and DNA Recognition. 著者: Liu, Y. / Abula, A. / Xiao, H. / Guo, H. / Li, T. / Zheng, L. / Chen, B. / Nguyen, H.C. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wm3.cif.gz | 504.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wm3.ent.gz | 417.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wm3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wm3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hniC 1u1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20534.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 15-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA2B1, HNRPA2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22626 #2: DNA鎖 | 分子量: 3773.462 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200 mM LiCl, 0.1M HEPEs pH 7.0 , 20 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.009 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→38.1 Å / Num. obs: 118490 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.558 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8688 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1U1Q 解像度: 1.62→33.027 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.21 Å2 / Biso mean: 33.1193 Å2 / Biso min: 11.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.62→33.027 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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