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- PDB-7wm3: hnRNP A2/B1 RRMs in complex with single-stranded DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wm3
タイトルhnRNP A2/B1 RRMs in complex with single-stranded DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / homodimerization / U-shaped structured DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


miRNA transport / RNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DNA geometric change / primary miRNA processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...miRNA transport / RNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / DNA geometric change / primary miRNA processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / mRNA export from nucleus / Cajal body / DNA polymerase binding / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / molecular condensate scaffold activity / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / mRNA processing / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP A2/B1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Abula, A. / Liu, Y. / Guo, H. / Li, T. / Ji, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight Into hnRNP A2/B1 Homodimerization and DNA Recognition.
著者: Liu, Y. / Abula, A. / Xiao, H. / Guo, H. / Li, T. / Zheng, L. / Chen, B. / Nguyen, H.C. / Ji, X.
履歴
登録2022年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2318
ポリマ－97,2318
非ポリマー00
水17,384965
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
C: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6154
ポリマ－48,6154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
D: Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6154
ポリマ－48,6154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.190, 101.620, 111.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 / hnRNP A2/B1


分子量: 20534.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 15-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA2B1, HNRPA2B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22626
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3')


分子量: 3773.462 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM LiCl, 0.1M HEPEs pH 7.0 , 20 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→38.1 Å / Num. obs: 118490 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.558 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8688 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2148精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U1Q

1u1q


解像度: 1.62→33.027 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1845 2000 1.69 %
Rwork0.1632 116385 -
obs0.1636 118385 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.21 Å2 / Biso mean: 33.1193 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→33.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 1016 0 965 7761
Biso mean---37.63 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3319664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.854028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.62-1.66050.29911410.27048231
1.6605-1.70540.28591420.2428209
1.7054-1.75560.2581410.22928264
1.7556-1.81230.23061420.22178209
1.8123-1.8770.22881410.19798241
1.877-1.95220.18511420.16988278
1.9522-2.0410.19651410.16968239
2.041-2.14860.20911430.16438271
2.1486-2.28320.18741430.16288294
2.2832-2.45940.19241420.16338303
2.4594-2.70680.17791430.16628332
2.7068-3.09830.20581440.16818382
3.0983-3.90250.16371460.14678438
3.9025-100.1491490.14058694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0271-0.02790.02490.0201-0.02350.01410.1324-0.1372-0.0416-0.0394-0.1448-0.02830.0298-0.1772-00.16060.01560.00520.1769-0.03540.1404-12.7192-1.5219.2325
20.1021-0.02720.10490.24260.00320.2023-0.0468-0.3363-0.18770.38740.05110.05070.5332-0.04390.01640.3064-0.05250.03450.25070.05440.1861-11.1826-15.891726.1559
30.1617-0.04660.09380.0434-0.01170.04620.1564-0.134-0.1642-0.0348-0.12320.17180.1187-0.243100.2482-0.0599-0.00170.2252-0.02010.2268-14.8655-16.600216.2443
40.36190.11370.06090.15880.06140.12510.0273-0.14870.00170.1433-0.0344-0.03310.0716-0.0929-00.19010.0005-0.01440.19160.00620.1327-6.6897-7.174622.023
50.0189-0.0243-0.00130.0676-0.00920.00830.1130.1702-0.10740.1123-0.1375-0.10930.0323-0.00640.00010.14090.0019-0.01010.1929-0.01230.19620.3213-3.25778.6431
60.04620.0266-0.05040.01890.00820.10060.01770.03240.11060.0998-0.1293-0.2505-0.0969-0.0003-0.00190.1942-0.0198-0.04940.12280.02060.24499.432215.052611.0278
70.2146-0.12990.30110.9415-0.34110.46110.0613-0.37950.27940.480.0169-0.1108-0.44010.10870.1170.3274-0.0313-0.06510.2502-0.08480.24987.456513.57321.7222
80.04290.0838-0.01470.18370.15810.18420.0309-0.1390.04730.11320.0767-0.2714-0.21190.12110.00250.2128-0.0812-0.03120.1870.0180.298516.767211.895310.8264
90.09380.0955-0.01270.19130.15220.16360.0408-0.10330.09650.0882-0.0475-0.0176-0.1137-0.0394-00.17730.0059-0.03580.1656-0.00180.2012.78277.435716.0267
100.0586-0.0323-0.05260.08190.08390.0730.00610.1976-0.0458-0.1303-0.0834-0.12570.0186-0.3661-0.00050.17060.0276-0.01290.21090.00340.18675.72975.63276.2851
110.12560.0178-0.01540.0191-0.02330.08650.04640.0764-0.08830.0107-0.04630.07250.0486-0.079900.1673-0.01790.00110.18390.01180.1984-26.2625-8.53663.5252
120.1556-0.07230.01620.0405-0.00620.10.07580.04460.23830.19330.02650.2175-0.0817-0.3909-00.18610.03890.04590.2799-0.00650.2519-37.8572.44137.0242
130.2780.1864-0.15010.2842-0.06910.77940.06050.07870.0890.0858-0.03540.0566-0.0288-0.197300.14940.001-0.00330.18050.01560.182-30.3955-0.06833.8974
140.02610.0489-0.00860.0936-0.05380.0388-0.0140.02640.35760.0161-0.21410.1780.11820.17030.00030.1745-0.00430.00420.2610.04360.2214-18.01880.391-7.4541
150.11520.0271-0.05230.09780.05510.0940.18050.20120.0696-0.2337-0.23710.02210.08740.15380.00010.26590.0794-0.03240.30850.03770.1497-16.258-15.6741-21.5195
160.0554-0.036-0.01960.0606-0.01560.0273-0.02780.04-0.2344-0.0295-0.00710.47750.2841-0.1716-0.00190.2448-0.0335-0.06850.27070.02850.2413-26.6685-17.4715-18.6722
170.11840.16350.02230.24350.01140.02620.01140.07630.1226-0.2128-0.00730.09960.13260.1141-0.02470.24220.06470.00760.40430.06420.1312-17.6497-11.2967-28.0848
180.032-0.0245-0.00370.0847-0.05010.02640.03620.07190.00930.007-0.07340.02940.0169-0.0191-0.01230.20180.0164-0.01740.26330.03530.1575-24.5707-7.5724-13.6072
190.0102-0.01610.0050.0213-0.00460.01180.1092-0.1285-0.0478-0.03720.0017-0.00080.1433-0.1976-0.00010.26890.0212-0.03060.26710.05720.2315-17.0866-18.5118-11.6147
200.04470.01710.05260.0883-0.03550.06790.0599-0.10240.12990.0005-0.3001-0.08820.06630.4259-0.0160.1627-0.0284-0.04970.28780.05490.2478-14.4005-5.0967-14.658
210.5488-0.0481-0.16380.5721-0.31830.7252-0.05830.1305-0.0302-0.2592-0.1-0.2941-0.05170.1688-0.23860.19870.00350.09340.19480.04970.259119.5504-2.8526-15.3572
220.61110.23290.12170.96860.06120.55520.03560.0806-0.0035-0.0412-0.0332-0.12370.0183-0.07210.00410.16890.02620.02650.12230.01170.16581.4933-21.2649-5.711
230.0559-0.0187-0.06860.03740.01290.08760.04390.01440.0353-0.0130.0799-0.199-0.148-0.162500.2556-0.0017-0.03860.2646-0.01230.21544.805815.408-19.5591
240.1253-0.3014-0.01190.8298-0.00290.02960.01340.16870.0132-0.24130.0318-0.4063-0.1619-0.54820.01110.2803-0.0272-0.00170.32660.0210.162-1.153515.631-34.5954
25-0.0189-0.00570.00060.08230.04380.2142-0.06360.10280.1043-0.26840.0236-0.30770.1297-0.18570.00020.3217-0.07850.00580.2614-0.01910.20920.71875.6902-31.4441
260.02980.0426-0.05520.027-0.04350.16180.01160.0576-0.03950.2526-0.0122-0.166-0.1221-0.22150.00010.30950.0359-0.03840.21950.00210.1931.945519.9615-23.9016
270.3381-0.1164-0.14570.0370.02940.0597-0.13610.2142-0.04150.04940.0375-0.1835-0.0634-0.4535-0.02410.19680.0895-0.03840.37380.04310.0913-5.591514.8488-24.0773
280.05850.04280.00780.04680.02620.0081-0.2006-0.28650.0111-0.05570.03180.0332-0.037-0.08980.00020.2190.0599-0.01840.2618-0.00270.2258-8.928910.0259-11.9898
290.0817-0.0186-0.05450.04810.02140.0447-0.2214-0.4075-0.27610.16840.20050.1797-0.1831-0.31620.00070.28440.1355-0.02390.253-0.01120.2563-9.253824.37153.7914
300.0553-0.00330.03860.03010.03030.0552-0.1237-0.13610.4896-0.01280.1501-0.471-0.2070.0696-0.00410.2660.0374-0.04590.15740.00470.409-6.025130.8789-4.1716
310.03710.0364-0.02260.1410.05160.2174-0.007-0.0939-0.10830.03410.05160.2917-0.18390.05920.00070.27980.12180.06830.25940.07070.3143-17.2274263.3696
320.1156-0.0824-0.04370.04790.02860.03740.2017-0.0757-0.1979-0.07070.06710.2835-0.05990.14860.0040.22770.0982-0.03220.23880.02650.2588-12.900823.5866-5.9809
330.07-0.0821-0.00520.10930.03960.05810.0622-0.0650.0838-0.1739-0.1071-0.2742-0.1525-0.14380.00080.21130.0641-0.03840.2215-0.01680.2468-2.362920.9719-6.4459
340.02440.0244-0.0120.0356-0.01130.0003-0.108-0.1568-0.36220.08030.1644-0.14440.24110.0194-0.00090.24870.0481-0.02510.20320.0350.3453-10.764914.363-2.1706
350.01670.11560.10480.24990.26730.35540.01180.02390.01580.0458-0.0790.01530.1164-0.13570.00010.16940.00760.0040.1481-0.00090.1682-7.4438-16.41887.6504
360.0513-0.02220.030.1435-0.13690.05550.0453-0.04670.35580.1991-0.01180.14620.1203-0.0651-0.00610.11850.0230.01040.15050.02620.2712-20.404410.43554.768
370.0045-0.0375-0.0150.07390.11320.3046-0.01830.02030.0995-0.10110.0149-0.1679-0.14670.141-00.1795-0.004-0.00990.16310.02730.237113.98595.7779-3.1154
380.1847-0.0786-0.07280.16960.004-0.012-0.1941-0.023-0.0847-0.26490.3599-0.2142-0.0219-0.03840.05750.2161-0.0158-0.01430.27890.08620.1517-6.5814-0.6251-24.36
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 26 )A15 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 44 )A27 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 63 )A45 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 101 )A64 - 101
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 112 )A102 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 113 through 124 )A113 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 125 through 135 )A125 - 135
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 136 through 154 )A136 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 155 through 179 )A155 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 180 through 193 )A180 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 26 )B15 - 26
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 27 through 44 )B27 - 44
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 45 through 101 )B45 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 102 through 112 )B102 - 112
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 113 through 124 )B113 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 125 through 135 )B125 - 135
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 136 through 154 )B136 - 154
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 155 through 171 )B155 - 171
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 172 through 179 )B172 - 179
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 180 through 193 )B180 - 193
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 15 through 101 )C15 - 101
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 102 through 193 )C102 - 193
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 15 through 26 )D15 - 26
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 27 through 44 )D27 - 44
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 45 through 63 )D45 - 63
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 64 through 81 )D64 - 81
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 82 through 101 )D82 - 101
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 102 through 112 )D102 - 112
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 113 through 124 )D113 - 124
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 125 through 135 )D125 - 135
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 136 through 153 )D136 - 153
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 154 through 162 )D154 - 162
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 163 through 179 )D163 - 179
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 180 through 193 )D180 - 193
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 1 through 12 )E1 - 12
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 1 through 12 )F1 - 12
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 1 through 12 )G1 - 12
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 1 through 12 )H1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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