PDB-7wl6: Crystal structure of I73L mutated human transthyretin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wl6

タイトル

Crystal structure of I73L mutated human transthyretin

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TTR / transthyretin / human

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41800705321 Å

データ登録者

Nakagawa, M. / Obita, T. / Mizuguchi, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: The hydrophobic residue Leu73 is crucial for the high stability and low aggregation properties of murine transthyretin.
著者: Nakagawa, M. / Obita, T. / Mizuguchi, M.

履歴

登録	2022年1月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wl6.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wl6.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7wl6_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wl6_full_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示
XML形式データ	7wl6_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7wl6_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/7wl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/7wl6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n85S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.8398, 85.84, 64.16
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-361- HOH
2	1	B-344- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 14939.712 Da / 分子数: 2 / 変異: I73L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 24% PEG400, 0.2 M magnesium acetate, 5% glycerol, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.418→35.7 Å / Num. obs: 45459 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 15.4395742663 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.418→1.49 Å / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 6529 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.197 / R_rim(I) all: 0.512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N85

4n85

解像度: 1.41800705321→35.6739160745 Å / SU ML: 0.13808567928 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.343194049 / 位相誤差: 20.0661919681

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.210395487158	2245	4.93851602543 %
R_work	0.184394332498	43214	-
obs	0.185636914987	45459	99.5728742279 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.7283313261 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41800705321→35.6739160745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1766	0	2	162	1930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00742798941176	1818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04801539985	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0405769339793	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00702329798019	314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6400886742	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41800705321-1.4488	0.25224924643	146	0.248870697788	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.2155603141
1.4488-1.4825	0.267761922547	128	0.229200519829	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.9292786421
1.4825-1.5196	0.255624292348	120	0.221111417077	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5196-1.5607	0.235945633282	157	0.20740053633	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5607-1.6066	0.20009236336	156	0.199151666992	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6066-1.6585	0.241172712108	139	0.19265493109	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.9289772727
1.6585-1.7178	0.214549344188	130	0.193803805164	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7178-1.7865	0.199723940214	158	0.191030865776	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7865-1.8678	0.240220545739	144	0.19060643664	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8678-1.9663	0.195708749308	135	0.16893753272	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9663-2.0895	0.180964511255	124	0.17848779534	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0895-2.2508	0.219379888934	142	0.171968211405	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2508-2.4773	0.210978380753	121	0.180753832908	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4773-2.8356	0.198362666669	165	0.185467141708	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8356-3.572	0.209359056212	134	0.178276795011	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.8979244641
3.572-35.6739160745	0.20503094748	146	0.17888777419	2769	X-RAY DIFFRACTION	95.4798558795

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6343006279	1.40260008201	1.04634668416	2.0511687576	1.48065040037	1.87684364847	-0.071066080999	-0.47595994887	0.052743052344	0.192695519373	-0.000847822047181	0.010327006165	0.19268478172	0.133879413902	0.236361034513	0.140751273611	0.0129381031831	0.0101193370992	0.119737882303	0.0147178096303	0.0900201384688	44.3441512643	7.50646604424	29.420063267
2	1.02429516717	-2.69237934367	-1.52310094255	9.81360865563	8.2588521713	8.97339771185	-0.0413450554678	-0.0312877038967	0.084518047347	0.0984493403473	0.163316999024	-0.512533013929	0.00568301859902	0.311533818557	-0.212972740415	0.128963446803	0.00519567861006	-0.0209771742756	0.161170530759	0.00236037979694	0.17607380145	54.7423028729	4.37375104726	26.1059434412
3	8.04830399183	-5.33917569271	-1.24146321565	6.59110795279	0.340043564104	2.86030882306	0.236777278494	0.39574607417	0.556395141176	-0.316152477372	-0.198400959078	0.111677157173	-0.3584386156	-0.227606901029	0.00728085114154	0.189890354747	0.00633517830243	-0.0121953142792	0.14646486318	0.00250254785291	0.239759075817	38.2919819321	24.641782529	24.1415929088
4	6.08628185673	-4.13206224125	4.96757668237	3.02998063276	-3.47466696446	4.12290624798	-0.309417108521	-0.186235325776	0.373672464957	0.268268456261	0.119408524668	-0.182643195966	-0.27575138245	-0.0135173638185	0.391655457513	0.131175455024	-0.0163903618437	0.00529241471452	0.128428861054	-0.0307876541886	0.176579565612	42.4818274788	22.611439776	28.4236213341
5	4.04069538336	-3.90091507656	-4.32325112068	4.92056576983	2.61273785524	6.97881551397	-0.316502478844	-0.44566453974	0.00627153434761	0.620543158509	0.183777569631	0.0533447869905	0.490235604888	0.253616035861	0.182617077215	0.178497215617	0.0192543783961	-0.0134772518286	0.163704337219	-0.0162416443593	0.144095356701	47.9278170028	9.61058779824	34.4768104868
6	3.34362136451	-4.18215510671	1.16112296889	6.47110377222	1.5644195003	8.20037550426	-0.145093510068	-0.520577994168	0.122188195603	0.292810399111	-0.0177598252748	0.056440548493	0.335338507779	-0.46746769578	0.120169595547	0.137369710487	-0.00926176870925	0.0299400697909	0.212405514936	-0.0527357916168	0.199548180911	32.5177801346	19.5747108556	35.8005068602
7	5.53511392311	-5.0658018549	-3.03505135571	4.72579455996	2.39242430977	2.68937053242	-0.0342043216686	0.248849272103	0.678033462605	0.0553892599494	0.0127795797633	-0.215386024076	-0.10109199711	-0.117716202011	-0.171735309861	0.113602983813	-0.0101217068629	0.00470619160604	0.104454163293	-0.00862949254427	0.130891743778	41.6185312817	17.9992521173	23.5769141111
8	4.29270095841	1.28555218716	2.36797732872	6.02043560432	-1.67131933738	5.39270182538	0.126443923772	0.115143386188	0.0450859744369	-0.183284923564	-0.49471290714	-0.373533415409	0.00322775838708	0.751946482088	0.264560052399	0.103530281134	0.0226210121735	0.0358634102846	0.212149674274	0.0369719077188	0.156861446697	55.7182233622	11.9661875017	17.3957047926
9	3.70978847221	-4.13503406719	-4.9123250334	4.61448810521	5.59749245903	6.96814941032	-0.179615787774	-0.167615992785	0.286222184696	0.0484263285274	0.225841664548	-0.167251612766	0.127300711284	0.282760236753	-0.0782050931659	0.139656514617	0.00777353304727	0.00290010678537	0.147642522385	-0.0138214245759	0.138923954115	36.7977529062	15.3893994341	21.7066428719
10	4.43273314222	-1.51268063941	-3.84605812036	3.00317565185	1.25740113161	5.57641468279	-0.0995474142512	0.00905942277062	0.089777850528	0.153776919372	0.00636718591953	0.250417608956	0.168892148504	-0.190936897945	0.10930212245	0.115428729676	-0.00430888702396	-0.0109637417774	0.107412347629	-0.0183225243924	0.103471695899	37.6641645779	8.14130253617	25.1896871449
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 40 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 48 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 49 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 59 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 67 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 75 through 90 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 91 through 97 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 98 through 124 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 11 through 18 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 19 through 28 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 29 through 40 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 41 through 48 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 49 through 58 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 59 through 66 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 67 through 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 74 through 90 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 91 through 97 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 98 through 103 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 104 through 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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