[日本語] English
万見
- PDB-7wkz: Crystal structure of the HSA complex with mycophenolate and aripi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkz
タイトルCrystal structure of the HSA complex with mycophenolate and aripiprazole
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / drug / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SC / MYCOPHENOLIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.992 Å
データ登録者Kawai, A. / Yamasaki, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of the Change in the Interaction Between Mycophenolic Acid and Subdomain IIA of Human Serum Albumin During Renal Failure.
著者: Yamasaki, K. / Teshima, H. / Yukizawa, R. / Kuyama, K. / Tsukigawa, K. / Nishi, K. / Otagiri, M. / Kawai, A.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6806
ポリマ－133,1422
非ポリマー1,5374
水00
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3403
ポリマ－66,5711
非ポリマー7692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3403
ポリマ－66,5711
非ポリマー7692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.998, 183.182, 59.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.514, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-9SC / 7-[4-[4-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]piperazin-1-yl]butoxy]-3,4-dihydro-1H-quinolin-2-one / Aripiprazole / アリピプラゾ-ル


分子量: 448.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27Cl2N3O2 / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-MOA / MYCOPHENOLIC ACID / 6-(1,3-DIHYDRO-7-HYDROXY-5-METHOXY-4-METHYL-1-OXOISOBENZOFURAN-6-YL)-4-METHYL-4-HEXANOIC ACID / 4-メチル-6-[3-オキソ-7-メチル-4-ヒドロキシ-6-メトキシ-1,3-ジヒドロイソベンゾフラン-5-イル]-(以下略)


分子量: 320.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 免疫抑制剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 32% PEG 3350, 50mM potassium phosphate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.6377
pseudo-merohedral22-L, -K, -H20.3623
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 24010 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12.44
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 2315 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A7P

6a7p


解像度: 2.992→48.231 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 16.936 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1222 5.14 %
Rwork0.1961 22554 -
all0.199 --
obs-23776 97.997 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 82.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.331 Å2-0 Å25.167 Å2
2--19.059 Å20 Å2
3----38.389 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.992→48.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8337 0 106 0 8443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0128636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.64211737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.83351096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72923.029416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.029151375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4611544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.24273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.25984
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3330.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.10.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.5248.6724411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.89212.9765498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.8978.6424225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.64712.856239
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it18.407163.88435416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.992-3.070.398750.2211508X-RAY DIFFRACTION88.4358
3.07-3.1530.332750.2091613X-RAY DIFFRACTION96.9001
3.153-3.2440.32970.1931538X-RAY DIFFRACTION97.7286
3.244-3.3440.336850.2421535X-RAY DIFFRACTION98.6001
3.344-3.4530.2731000.2171482X-RAY DIFFRACTION98.3219
3.453-3.5730.28760.211427X-RAY DIFFRACTION99.2735
3.573-3.7070.242840.2051424X-RAY DIFFRACTION98.6911
3.707-3.8580.25740.2031312X-RAY DIFFRACTION99.0708
3.858-4.0280.27710.1891284X-RAY DIFFRACTION99.3402
4.028-4.2230.205650.1821256X-RAY DIFFRACTION97.997
4.223-4.450.221710.171171X-RAY DIFFRACTION99.759
4.45-4.7170.247440.1771126X-RAY DIFFRACTION98.5678
4.717-5.040.207500.1771065X-RAY DIFFRACTION99.5536
5.04-5.4390.34540.204978X-RAY DIFFRACTION99.7101
5.439-5.950.262420.233921X-RAY DIFFRACTION100.2081
5.95-6.640.271480.252817X-RAY DIFFRACTION99.5397
6.64-7.6430.184350.223714X-RAY DIFFRACTION99.7337
7.643-9.3020.117300.157603X-RAY DIFFRACTION97.0859
9.302-12.9170.185310.153488X-RAY DIFFRACTION99.4253
12.917-48.2310.323150.215292X-RAY DIFFRACTION99.0323

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る