PDB-7wkq: Crystal Structure of halohydrin dehalogenase from Acidimicrobiia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wkq

タイトル

Crystal Structure of halohydrin dehalogenase from Acidimicrobiia bacterium

要素

halohydrin dehalogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / halohydrin dehalogenase

機能・相同性

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Acidimicrobiia bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Wan, N.W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Identification and Structure Analysis of an Unusual Halohydrin Dehalogenase for Highly Chemo-, Regio- and Enantioselective Bio-Nitration of Epoxides.
著者: Wang, H.H. / Wan, N.W. / Miao, R.P. / He, C.L. / Chen, Y.Z. / Liu, Z.Q. / Zheng, Y.G.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wkq.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wkq.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wkq_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wkq_full_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示
XML形式データ	7wkq_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	7wkq_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/7wkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/7wkq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i9vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qkk-5 4gmd-1 4y7m-2 5z9e-d 2jas-3 2nrh-d 2anb-2 7r7n-d 4unq-d 3m6y-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: halohydrin dehalogenase

B: halohydrin dehalogenase

C: halohydrin dehalogenase

D: halohydrin dehalogenase

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: halohydrin dehalogenase

B: halohydrin dehalogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: halohydrin dehalogenase

D: halohydrin dehalogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.823, 103.047, 105.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	halohydrin dehalogenase 分子量: 26193.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidimicrobiia bacterium (バクテリア) 遺伝子: CK520_03170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G4FD71

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→46.33 Å / Num. obs: 41486 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 82.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 31.23
反射シェル	解像度: 2.89→3 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 4246 / R_pim(I) all: 0.3375 / % possible all: 98.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I9V

6i9v

解像度: 2.89→46.33 Å / SU ML: 0.4221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	3752	9.23 %
R_work	0.2192	36897	-
obs	0.2219	40649	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→46.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6560	0	0	0	6560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0117	6664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.6319	9028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1067	1045
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	1196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.0399	2374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.93	0.4369	118	0.4296	1310	X-RAY DIFFRACTION	94.01
2.93-2.97	0.3746	148	0.3686	1342	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.97-3.01	0.3518	141	0.3641	1381	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.01-3.05	0.3609	133	0.3327	1386	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.05-3.1	0.3643	141	0.322	1345	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.1-3.15	0.3443	142	0.314	1382	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.15-3.2	0.3927	145	0.3089	1350	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.2-3.25	0.2924	115	0.2877	1415	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.25-3.31	0.3253	159	0.2904	1358	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.31-3.38	0.2467	138	0.2669	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.38-3.44	0.3136	141	0.2651	1400	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.44-3.52	0.3418	147	0.2459	1365	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.52-3.6	0.2767	134	0.2272	1366	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.6-3.69	0.229	151	0.2408	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.79	0.2618	144	0.2121	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.79-3.9	0.2589	137	0.228	1355	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.9-4.03	0.2447	138	0.207	1344	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.03-4.17	0.2584	138	0.215	1383	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.17-4.34	0.2706	141	0.2004	1389	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.34-4.54	0.2233	142	0.1892	1363	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.54-4.77	0.2048	134	0.1829	1370	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.78-5.07	0.1944	139	0.1821	1388	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.07-5.46	0.2406	138	0.2087	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.47-6.01	0.3181	139	0.2273	1343	X-RAY DIFFRACTION	98.8
6.01-6.88	0.2406	143	0.2252	1370	X-RAY DIFFRACTION	99.47
6.88-8.66	0.1696	142	0.1788	1382	X-RAY DIFFRACTION	99.93
8.67-46.33	0.178	124	0.1646	1336	X-RAY DIFFRACTION	96.56

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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