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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wko | ||||||
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タイトル | ICP1 Csy1-2 complex | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Cas / phage ICP1 | ||||||
機能・相同性 | CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / Csy2 / Csy1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, M. / Peng, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into DNA binding and cleavage by a compact type I-F CRISPR-Cas system in bacteriophage. 著者: Manling Zhang / Ruchao Peng / Qi Peng / Sheng Liu / Zhiteng Li / Yuqin Zhang / Hao Song / Jia Yang / Xiao Xing / Peiyi Wang / Jianxun Qi / George F Gao / ![]() 要旨: CRISPR-Cas systems are widespread adaptive antiviral systems used in prokaryotes. Some phages, in turn, although have small genomes can economize the use of genetic space to encode compact or ...CRISPR-Cas systems are widespread adaptive antiviral systems used in prokaryotes. Some phages, in turn, although have small genomes can economize the use of genetic space to encode compact or incomplete CRISPR-Cas systems to inhibit the host and establish infection. Phage ICP1, infecting , encodes a compact type I-F CRISPR-Cas system to suppress the antiphage mobile genetic element in the host genome. However, the mechanism by which this compact system recognizes the target DNA and executes interference remains elusive. Here, we present the electron cryo-microscopy (cryo-EM) structures of both apo- and DNA-bound ICP1 surveillance complexes (Aka Csy complex). Unlike most other type I surveillance complexes, the ICP1 Csy complex lacks the Cas11 subunit or a structurally homologous domain, which is crucial for dsDNA binding and Cas3 activation in other type I CRISPR-Cas systems. Structural and functional analyses revealed that the compact ICP1 Csy complex alone is inefficient in binding to dsDNA targets, presumably stalled at a partial R-loop conformation. The presence of Cas2/3 facilitates dsDNA binding and allows effective dsDNA target cleavage. Additionally, we found that Cas2/3 efficiently cleaved the dsDNA target presented by the ICP1 Csy complex, but not vice versa. These findings suggest a unique mechanism for target dsDNA binding and cleavage by the compact phage-derived CRISPR-Cas system. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22841.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csy1, ICP12011A_088 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: M1R2X3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29833.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: csy2, ICP12011A_087 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: M1QWL5 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 20% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.299→36.48 Å / Num. obs: 17672 / % possible obs: 80.96 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 19.633 |
反射 シェル | 解像度: 2.299→2.381 Å / Rmerge(I) obs: 1.277 / Num. unique obs: 760 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7WWV 解像度: 2.3→36.48 Å / SU ML: 0.2943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.023 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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