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万見
- PDB-7wjv: Crystal structure of human liver FBPase complexed with an covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wjv
タイトルCrystal structure of human liver FBPase complexed with an covalent inhibitor
要素Fructose-1,6-bisphosphatase 1
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Classification: HYDROLASE Organism(s): Homo sapiens Expression System: Escherichia coli BL21(DE3) inhibitor: covalent binding C128
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / gluconeogenesis / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 1,2-BENZISOTHIAZOL-3(2H)-ONE 1,1-DIOXIDE / benzylcarbamic acid / Fructose-1,6-bisphosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.724 Å
データ登録者Cao, H. / Huang, Y. / Ren, Y. / Wan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177036 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: N -Acylamino Saccharin as an Emerging Cysteine-Directed Covalent Warhead and Its Application in the Identification of Novel FBPase Inhibitors toward Glucose Reduction.
著者: Wen, W. / Cao, H. / Xu, Y. / Ren, Y. / Rao, L. / Shao, X. / Chen, H. / Wu, L. / Liu, J. / Su, C. / Peng, C. / Huang, Y. / Wan, J.
履歴
登録2022年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,87615
ポリマ－152,8274
非ポリマー2,04811
水20,8611158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19600 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area44130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.641, 83.617, 278.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA


分子量: 38206.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TU34

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非ポリマー , 6種, 1169分子

#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-LSA / 1,2-BENZISOTHIAZOL-3(2H)-ONE 1,1-DIOXIDE / SACCHARIN / サッカリン


分子量: 183.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PMQ / benzylcarbamic acid / ベンジルカルバミド酸


分子量: 151.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 6.8), 14% (v/v) EtOH, 7.5mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→46.453 Å / Num. obs: 167125 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 7923 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5zwk

5zwk


解像度: 1.724→46.453 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 2000 1.2 %
Rwork0.1743 164992 -
obs0.1746 166992 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.25 Å2 / Biso mean: 23.8414 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.724→46.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9868 0 134 1158 11160
Biso mean--26.01 34.28 -
残基数----1295
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7243-1.76740.29461390.25581143998
1.7674-1.81520.291410.232211666100
1.8152-1.86860.27571410.211311643100
1.8686-1.92890.25781420.193111709100
1.9289-1.99790.19511420.177311696100
1.9979-2.07780.18571420.176311689100
2.0778-2.17240.19971420.175111747100
2.1724-2.28690.20871420.173511744100
2.2869-2.43020.181430.166511770100
2.4302-2.61780.18671430.175311796100
2.6178-2.88130.21121430.175411824100
2.8813-3.29810.21211440.167311857100
3.2981-4.15480.17171460.154912020100
4.1548-46.4530.17751500.170912392100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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