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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wjs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with the inhibitor Y13157 | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / BRD4 / Bromodomain / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Zhuang, X. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Discovery and Optimization of Furo[3,2- c ]pyridin-4(5 H )-one Derivatives as Potent and Second Bromodomain (BD2)-Selective Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Inhibitors. 著者: Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Wang, C. / Dong, R. / Shen, H. / Zhuang, X. / Chen, X. / Li, Q. / Lu, J. / Zhang, M. / Wu, X. / Loomes, K.M. / Zhou, Y. / Zhang, Y. / Liu, J. / Xu, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wkyC ![]() 7wlnC ![]() 7wmqC ![]() 7wmuC ![]() 7wn5C ![]() 7wnaC ![]() 7wniC ![]() 6viwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16767.326 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 197 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.73→44.97 Å / Num. obs: 21133 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 解像度: 2.73→2.86 Å
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6viw 解像度: 2.73→44.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 9.916 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 183.15 Å2 / Biso mean: 79.584 Å2 / Biso min: 45.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.73→44.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.73→2.801 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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