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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wmq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13157 | ||||||
要素 | Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / BRD2-BD2 / Bromodomain (ブロモドメイン) / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chromatin looping / acetylation-dependent protein binding / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / 精子形成 / nuclear speck ...chromatin looping / acetylation-dependent protein binding / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / 精子形成 / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å | ||||||
データ登録者 | Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Zhuang, X. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-Based Discovery and Optimization of Furo[3,2- c ]pyridin-4(5 H )-one Derivatives as Potent and Second Bromodomain (BD2)-Selective Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Inhibitors. 著者: Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Wang, C. / Dong, R. / Shen, H. / Zhuang, X. / Chen, X. / Li, Q. / Lu, J. / Zhang, M. / Wu, X. / Loomes, K.M. / Zhou, Y. / Zhang, Y. / Liu, J. / Xu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wmq.cif.gz | 116 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wmq.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wmq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/7wmq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wjsC 7wkyC 7wlnC 7wmuC 7wn5C 7wnaC 7wniC 6e6jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15981.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440 #2: 化合物 | ChemComp-JFL / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 3.5 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 197 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.37→72.04 Å / Num. obs: 37617 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.8 %
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6E6J 解像度: 2.37→72.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.388 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.84 Å2 / Biso mean: 29.293 Å2 / Biso min: 12.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.37→72.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.37→2.432 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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