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- PDB-7wjh: Crystal structure of Bcl-xL bound to the BH3 domain of human Pxt1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wjh
タイトルCrystal structure of Bcl-xL bound to the BH3 domain of human Pxt1
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Peroxisomal testis-specific protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Peroxisomal testis-specific 1 / Pxt1 / Bcl-XL / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis ...The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of synaptic vesicle clustering / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / clathrin binding / response to cycloheximide / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to alkaloid / positive regulation of ATP biosynthetic process / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / MDM2/MDM4 family protein binding / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / response to ischemia / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / mitochondrial membrane / response to virus / response to radiation / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / peroxisome / GTPase binding / presynapse / spermatogenesis / defense response to virus / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisomal testis-specific protein 1 / Peroxisomal testis-specific protein 1 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Peroxisomal testis-specific protein 1 / Peroxisomal testis-specific protein 1 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Peroxisomal testis-specific protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Lim, D. / Ku, B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6063955 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical analyses of Bcl-xL in complex with the BH3 domain of peroxisomal testis-specific 1.
著者: Lim, D. / Jin, S. / Shin, H.C. / Kim, W. / Choi, J.S. / Oh, D.B. / Kim, S.J. / Seo, J. / Ku, B.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Peroxisomal testis-specific protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4224
ポリマ－21,3022
非ポリマー1202
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.658, 60.675, 97.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO4

21A-422-

HOH

31A-471-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 18124.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcl2l1, Bcl2l, Bclx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisomal testis-specific protein 1 / Small testis-specific peroxisomal protein


分子量: 3176.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFP0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate and 30% (w/v) polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 18530 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.698→1.73 Å / Num. unique obs: 948 / CC1/2: 0.371

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BZW

2bzw


解像度: 1.698→25.6119 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 1869 10.09 %
Rwork0.1716 --
obs0.1751 18528 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→25.6119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1425 0 6 185 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.751973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.481853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6982-1.74410.2461590.20691261X-RAY DIFFRACTION98
1.7441-1.79540.2351410.18931296X-RAY DIFFRACTION99
1.7954-1.85330.20871370.17781255X-RAY DIFFRACTION99
1.8533-1.91960.23031350.17491293X-RAY DIFFRACTION99
1.9196-1.99640.21121490.17451283X-RAY DIFFRACTION99
1.9964-2.08720.20411430.16911290X-RAY DIFFRACTION99
2.0872-2.19720.19031470.16571281X-RAY DIFFRACTION99
2.1972-2.33480.22181380.16041279X-RAY DIFFRACTION98
2.3348-2.51490.231420.17591278X-RAY DIFFRACTION98
2.5149-2.76770.19411510.16991289X-RAY DIFFRACTION98
2.7677-3.16760.22291450.17691280X-RAY DIFFRACTION97
3.1676-3.98840.18131370.1521278X-RAY DIFFRACTION96
3.9884-25.61190.19981450.18271296X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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