+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wiy | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human TPH2 tetramer | ||||||||||||
要素 | Tryptophan 5-hydroxylase 2 | ||||||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Human / Tryptophan 5-hydroxylase 2 / tetramer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / neuron projection / iron ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhu, K.F. / Liu, C. / Zhang, H.W. / Wang, D.P. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM Structure and Activator Screening of Human Tryptophan Hydroxylase 2. 著者: Kongfu Zhu / Chao Liu / Yuanzhu Gao / Jianping Lu / Daping Wang / Huawei Zhang / 要旨: Human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) is the rate-limiting enzyme in the synthesis of serotonin. Its dysfunction has been implicated in various psychiatric disorders such as depression, autism, and ...Human tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) is the rate-limiting enzyme in the synthesis of serotonin. Its dysfunction has been implicated in various psychiatric disorders such as depression, autism, and bipolar disorder. TPH2 is typically decreased in stability and catalytic activity in patients; thus, screening of molecules capable of binding and stabilizing the structure of TPH2 in activated conformation is desired for drug development in mental disorder treatment. Here, we solved the 3.0 Å cryo-EM structure of the TPH2 tetramer. Then, based on the structure, we conducted allosteric site prediction and small-molecule activator screening to the obtained cavity. ZINC000068568685 was successfully selected as the best candidate with highest binding affinity. To better understand the driving forces and binding stability of the complex, we performed molecular dynamics simulation, which indicates that ZINC000068568685 has great potential to stabilize the folding of the TPH2 tetramer to facilitate its activity. The research might shed light on the development of novel drugs targeting TPH2 for the treatment of psychological disorders. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wiy.cif.gz | 251.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7wiy.ent.gz | 201.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wiy_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7wiy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wiy_validation.xml.gz | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wiy_validation.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wiy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32540MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56129.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH2, NTPH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IWU9, tryptophan 5-monooxygenase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-IMD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human TPH2 with bound Fe2+ and imidazole / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 318441 / 対称性のタイプ: POINT |