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- PDB-7wik: Crystal structure of oligoribonuclease of Mycobacterium smegmatis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wik
タイトルCrystal structure of oligoribonuclease of Mycobacterium smegmatis mc2 155
要素Oligoribonuclease
キーワードHYDROLASE / Oligoribonuclease / ORN / RNase H-like fold / DnaQ like exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oligoribonuclease / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oligoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Badhwar, P. / Taneja, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Three-dimensional structure of a mycobacterial oligoribonuclease reveals a unique C-terminal tail that stabilizes the homodimer.
著者: Badhwar, P. / Khan, S.H. / Taneja, B.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease
B: Oligoribonuclease
C: Oligoribonuclease
D: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,46536
ポリマ－93,0294
非ポリマー2,43532
水11,602644
1
A: Oligoribonuclease
B: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,49315
ポリマ－46,5152
非ポリマー97913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
2
C: Oligoribonuclease
D: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97121
ポリマ－46,5152
非ポリマー1,45719
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.250, 97.260, 146.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 196 / Label seq-ID: 2 - 197

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Oligoribonuclease


分子量: 23257.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: orn / プラスミド: pET28-His10-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R1E6, EC: 3.1.13.3

-
非ポリマー , 7種, 676分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % / 解説: thick, long rods
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.4, 0.2M Lithium sulphate, 30% v/v PEG-4000
PH範囲: 8-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→81.07 Å / Num. obs: 71290 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.874→1.906 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3483 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.377 / Rrim(I) all: 0.794 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XSCALEJan 26, 2018データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.1.7データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2igi

2igi


解像度: 1.87→81.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.776 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 3553 5 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
obs0.1813 67736 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.89 Å2 / Biso mean: 33.637 Å2 / Biso min: 16.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.74 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→81.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6137 0 154 647 6938
Biso mean--47.38 43.64 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.6389005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.58314583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1545851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86521.078371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.068151179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3021565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021379
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A62660.08
12B62660.08
21A62610.07
22C62610.07
31A61850.09
32D61850.09
41B64210.07
42C64210.07
51B63120.08
52D63120.08
61C63700.09
62D63700.09
LS精密化 シェル解像度: 1.873→1.922 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 257 -
Rwork0.331 4886 -
all-5143 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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