[日本語] English
万見
- PDB-7vh4: Crystal structure of oligoribonuclease of Escherichia coli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vh4
タイトルCrystal structure of oligoribonuclease of Escherichia coli
要素Oligoribonuclease
キーワードHYDROLASE / Oligoribonuclease / ORN / RNase H-like fold / GENE REGULATION
機能・相同性Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Badhwar, P. / Taneja, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Not funded インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Three-dimensional structure of a mycobacterial oligoribonuclease reveals a unique C-terminal tail that stabilizes the homodimer.
著者: Badhwar, P. / Khan, S.H. / Taneja, B.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Oligoribonuclease
C: Oligoribonuclease
B: Oligoribonuclease
A: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,19513
ポリマ－83,7114
非ポリマー4849
水3,261181
1
C: Oligoribonuclease
ヘテロ分子

D: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Chain A and chain B are forming a functional dimer. Subunit of chain C and chain D to form full dimeric assembly are obtained from symmetry molecule.
  • 42.2 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1518
ポリマ－41,8552
非ポリマー2966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area4430 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
2
B: Oligoribonuclease
A: Oligoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0445
ポリマ－41,8552
非ポリマー1883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.574, 100.574, 147.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-61-

TRP

21B-61-

TRP

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21C
12D
22B
13D
23A
14C
24B
15C
25A
16B
26A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALADA3 - 1814 - 182
21ALAALACB3 - 1814 - 182
12ALAALADA3 - 1814 - 182
22ALAALABC3 - 1814 - 182
13ALAALADA3 - 1814 - 182
23ALAALAAD3 - 1814 - 182
14ALAALACB3 - 1814 - 182
24ALAALABC3 - 1814 - 182
15ALAALACB3 - 1814 - 182
25ALAALAAD3 - 1814 - 182
16SERSERBC2 - 1813 - 182
26SERSERAD2 - 1813 - 182

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質
Oligoribonuclease


分子量: 20927.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: orn / プラスミド: pET28a-His10-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A6D2W9V9, EC: 3.1.13.3

-
非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % / 解説: thin, flat, sheet-like
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 mM Sodium HEPES, pH 7.5, 0.25 M Sodium acetate, 25 % v/v PEG-3350
PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→59.63 Å / Num. obs: 34389 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 54.922 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3274 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.615 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IGI

2igi


解像度: 2.3→59.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.886 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1673 4.9 %RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.1963 32650 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.25 Å2 / Biso mean: 55.092 Å2 / Biso min: 26.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.77 Å20 Å20 Å2
2---2.77 Å20 Å2
3---5.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5705 0 30 181 5916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135964
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.6448082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.57812853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9525722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15621.749366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.907151061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5491555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021316
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D59160.05
12C59160.05
21D58530.07
22B58530.07
31D58430.06
32A58430.06
41C58600.07
42B58600.07
51C58850.06
52A58850.06
61B59600.06
62A59600.06
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 130 -
Rwork0.298 2314 -
all-2444 -
obs--98 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る