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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wi4 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E.Coli FtsH protease cytosolic domains | ||||||
要素 | ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH | ||||||
キーワード | HYDROLASE / complex / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane protein complex / plasma membrane protein complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Qiao, Z. / Gao, Y.G. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the entire FtsH-HflKC AAA protease complex. 著者: Zhu Qiao / Tatsuhiko Yokoyama / Xin-Fu Yan / Ing Tsyr Beh / Jian Shi / Sandip Basak / Yoshinori Akiyama / Yong-Gui Gao / 要旨: The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic ...The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic activity. Here, we present structure of the entire FtsH-HflKC complex, comprising 12 copies of both HflK and HflC, all of which interact reciprocally to form a cage, as well as four FtsH hexamers with periplasmic domains and transmembrane helices enclosed inside the cage and cytoplasmic domains situated at the base of the cage. FtsH K61/D62/S63 in the β2-β3 loop in the periplasmic domain directly interact with HflK, contributing to complex formation. Pull-down and in vivo enzymatic activity assays validate the importance of the interacting interface for FtsH-HflKC complex formation. Structural comparison with the substrate-bound human m-AAA protease AFG3L2 offers implications for the HflKC cage in modulating substrate access to FtsH. Together, our findings provide a better understanding of FtsH-type AAA protease holoenzyme assembly and regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wi4.cif.gz | 435.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wi4.ent.gz | 353.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wi4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wi4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wi4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wi4_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wi4_validation.cif.gz | 109 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wi4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32521MC 7wi3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70795.055 Da / 分子数: 6 / 変異: E252Q, E415Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ftsH, hflB, mrsC, std, tolZ, b3178, JW3145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AAI3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E.Coli protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32359 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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