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万見
- PDB-7wh4: Crystal structure of the PadR-family transcriptional regulator Rv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wh4
タイトルCrystal structure of the PadR-family transcriptional regulator Rv3488 of Mycobacterium tuberculosis H37Rv in complex with Manganese ion
要素Transcriptional regulator Rv3488
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator
機能・相同性: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / : / Transcriptional regulator Rv3488
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arora, A. / Zohib, M. / Biswal, B.K. / Pal, R.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PadR-family transcriptional regulator Rv3488 of Mycobacterium tuberculosis H37Rv in complex with Manganese ion
著者: Arora, A. / Zohib, M. / Biswal, B.K. / Pal, R.K.
履歴
登録2021年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年3月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code / _struct_sheet.number_strands
解説: Model completeness
詳細: one water molecule is filled in the positive density around ligand
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Rv3488
B: Transcriptional regulator Rv3488
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3924
ポリマ－25,2822
非ポリマー1102
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography purification was done using Superdex 75 10/300 GL column (GE Healthcare)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.491, 47.899, 129.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -4 - 96 / Label seq-ID: 2 - 102

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Rv3488


分子量: 12641.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3488 / プラスミド: pET-NH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: I6X7F9
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 2M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→26.89 Å / Num. obs: 5103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 717 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZHC

5zhc


解像度: 2.8→26.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 38.229 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.471 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 587 11.6 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2271 4484 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.27 Å2 / Biso mean: 49.609 Å2 / Biso min: 24.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.52 Å20 Å2-0 Å2
2--9.92 Å2-0 Å2
3----6.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→26.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 2 15 1569
Biso mean--69.2 41.34 -
残基数----202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0121591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0191.6422159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5985202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.1919.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.36215239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7961519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021214
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2796 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 37 -
Rwork0.319 325 -
all-362 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1221-0.0629-0.11150.37250.22651.75440.0294-0.0220.0267-0.0112-0.0212-0.0207-0.00990.0077-0.00820.0782-0.0233-0.01370.03970.01690.0873-6.9187118.0157111.1192
20.2487-0.10690.21210.1926-0.16472.48080.0335-0.04760.0858-0.00970.04720.04330.0988-0.0304-0.08070.0925-0.0113-0.00260.0144-0.00380.0968-7.562118.7909138.7546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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