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- PDB-7wgn: X-ray structure of human PPAR delta ligand binding domain-pemafib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wgn
タイトルX-ray structure of human PPAR delta ligand binding domain-pemafibrate co-crystals obtained by co-crystallization
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuclear receptor (核内受容体) / Protein-ligand complex / PPAR (PPAR)
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / Carnitine metabolism / negative regulation of myoblast differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / cellular response to nutrient levels / decidualization / keratinocyte proliferation / fatty acid transport / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / energy homeostasis / 着床 / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / fatty acid metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / wound healing / lipid metabolic process / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / glucose metabolic process / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / apoptotic process / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / PPAR / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / PPAR / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P7F / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.813 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Akahane, M. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16359 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101071 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Insights into Human PPAR alpha / delta / gamma Subtype Selectivity of Bezafibrate, Fenofibric Acid, and Pemafibrate.
著者: Honda, A. / Kamata, S. / Akahane, M. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Habu, Y. / Miyawaki, S. / Kaneko, C. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3113
ポリマ－31,5281
非ポリマー7832
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area12650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.772, 92.662, 96.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 31527.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-P7F / (2~{R})-2-[3-[[1,3-benzoxazol-2-yl-[3-(4-methoxyphenoxy)propyl]amino]methyl]phenoxy]butanoic acid / K-877 / Pemafibrate


分子量: 490.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.05 M Bis-tis propane (pH 8.5), 14% PEG8000, 0.2 M KCl, 6% propanediol, 0.001 M EDTA, 0.001 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→48.38 Å / Num. obs: 31614 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 29 / Num. measured all: 207167
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.81-1.856.60.3894.417920.9730.1630.42397.4
9.06-48.385.80.01788.731410.0070.01999.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.02 Å48.38 Å
Translation4.02 Å48.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GZ9

3gz9


解像度: 1.813→37.772 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 2917 4.92 %
Rwork0.2261 56322 -
obs0.2275 31538 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.75 Å2 / Biso mean: 34.6528 Å2 / Biso min: 16.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.813→37.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 113 58 2272
Biso mean--40.27 33.48 -
残基数----261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5893015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.021333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.813-1.84270.28621370.2791255896
1.8427-1.87440.30511420.26692698100
1.8744-1.90850.2871480.27252679100
1.9085-1.94520.32821310.2896268999
1.9452-1.98490.34441200.27422739100
1.9849-2.02810.28311410.28012645100
2.0281-2.07530.35511220.26732730100
2.0753-2.12720.28531530.25922671100
2.1272-2.18470.27121630.26612637100
2.1847-2.24890.3261310.25782711100
2.2489-2.32150.35661180.25632707100
2.3215-2.40450.21031530.2503265099
2.4045-2.50070.2591180.23672751100
2.5007-2.61450.27191630.25352631100
2.6145-2.75230.26971250.25722703100
2.7523-2.92470.27641760.23952676100
2.9247-3.15040.2771610.23242678100
3.1504-3.46730.27521420.22782684100
3.4673-3.96850.22431300.20212670100
3.9685-4.99810.20331230.17862705100
4.9981-37.7720.18341200.18662710100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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