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- PDB-7wgl: X-ray structure of human PPAR delta ligand binding domain-bezafib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wgl
タイトルX-ray structure of human PPAR delta ligand binding domain-bezafibrate co-crystals obtained by co-crystallization
要素Peroxisome proliferator-activated receptor delta
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / Protein-ligand complex / PPAR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration ...positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / fat cell proliferation / positive regulation of epidermis development / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell migration / proteoglycan metabolic process / fatty acid catabolic process / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of fatty acid oxidation / phospholipid biosynthetic process / Carnitine shuttle / negative regulation of myoblast differentiation / response to vitamin A / Signaling by Retinoic Acid / positive regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of cholesterol storage / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / energy homeostasis / decidualization / nuclear steroid receptor activity / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / NF-kappaB binding / adipose tissue development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / response to glucose / fatty acid transport / cellular response to nutrient levels / cholesterol metabolic process / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / embryo implantation / negative regulation of miRNA transcription / response to activity / generation of precursor metabolites and energy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / fatty acid metabolic process / wound healing / negative regulation of cell growth / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / vasodilation / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / glucose metabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / lipid binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PEM / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Kamata, S. / Honda, A. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Masuda, R. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16359 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101071 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Functional and Structural Insights into Human PPAR alpha / delta / gamma Subtype Selectivity of Bezafibrate, Fenofibric Acid, and Pemafibrate.
著者: Honda, A. / Kamata, S. / Akahane, M. / Machida, Y. / Uchii, K. / Shiiyama, Y. / Habu, Y. / Miyawaki, S. / Kaneko, C. / Oyama, T. / Ishii, I.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3646
ポリマ－63,0552
非ポリマー1,3084
水86548
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1823
ポリマ－31,5281
非ポリマー6542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1823
ポリマ－31,5281
非ポリマー6542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.481, 93.806, 96.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor delta / PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member ...PPAR-delta / NUCI / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor beta / PPAR-beta


分子量: 31527.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD, NR1C2, PPARB / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PEM / 2-[P-[2-P-CHLOROBENZAMIDO)ETHYL]PHENOXY]-2-METHYLPROPIONIC ACID / ベザフィブラ-ト


分子量: 361.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20ClNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.05 M Bis-tis propane (pH 8.5), 14% PEG8000, 0.1 M KSCN, 6% propanediol, 0.001 M EDTA, 0.001 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→47.72 Å / Num. obs: 40661 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 140997 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.09-2.150.361331010.9150.2310.4397.6
9.11-47.720.01649.250910.010.01997.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.55 Å47.72 Å
Translation6.55 Å47.72 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZNQ

2znq


解像度: 2.091→37.972 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 3739 4.82 %
Rwork0.1944 73872 -
obs0.1959 40615 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.12 Å2 / Biso mean: 49.5683 Å2 / Biso min: 23.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.091→37.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 184 48 4370
Biso mean--59.93 43.58 -
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9635861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4962605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.091-2.11720.30671230.2718254891
2.1172-2.1450.31041150.2683271394
2.145-2.17440.27671220.2556275994
2.1744-2.20550.26121640.2528265993
2.2055-2.23840.32591300.2621252789
2.2384-2.27330.32671450.2399254090
2.2733-2.31060.29091420.2389274894
2.3106-2.35040.26671430.2178271897
2.3504-2.39320.27021370.2241273497
2.3932-2.43920.291670.2188276997
2.4392-2.4890.27661450.2093285399
2.489-2.54310.22661650.213272298
2.5431-2.60220.27481270.2081286198
2.6022-2.66730.24621520.2218276898
2.6673-2.73940.25881280.1998280298
2.7394-2.820.31241270.2105284198
2.82-2.9110.28661260.2239276898
2.911-3.0150.27461440.2216279197
3.015-3.13560.23171570.2459273197
3.1356-3.27830.2661640.2216279097
3.2783-3.4510.24511530.2067269097
3.451-3.6670.24591210.1963282697
3.667-3.94990.19081280.1843275195
3.9499-4.34690.18061520.1599250189
4.3469-4.97470.16411140.1529279698
4.9747-6.2630.2051140.1874284999
6.263-37.9720.15081340.1465281798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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