PDB-7wgk: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wgk

タイトル

Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 3.13 A resolution

要素

ATP phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Catalytic Domain of ATP-PRT / HisG

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase /

ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, T.P. / Sharma, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 3.13 A resolution
著者: Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, T.P. / Sharma, S.

履歴

登録	2021年12月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wgk.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wgk.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wgk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wgk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m8hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7wgm-d 6enc-d 6qj5-d 5f9b-d 6vzl-d 6jf0-d 6o68-d 3b0r-d 7cxg-d 5d1u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase

B: ATP phosphoribosyltransferase

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.401, 80.950, 99.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase / / ATP-PRT / ATP-PRTase 分子量: 25113.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium Acetate Trihydrate (pH 4.6), 2M Sodium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.13→59.49 Å / Num. obs: 11022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.9 % / B_iso Wilson estimate: 69.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 3.13→3.18 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 532 / CC_1/2: 0.93 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M8H

5m8h

解像度: 3.13→59.488 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.847 / SU B: 26.73 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.553 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2987	502	4.576 %
R_work	0.2186	10469	-
all	0.222	-	-
obs	-	10971	99.528 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.037 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.13→59.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3518	0	0	24	3542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.638	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.584	8308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.91	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.693	22.674	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.874	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.808	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.35	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.33	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5	7.148	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.97	7.146	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.122	10.707	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.123	10.712	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.22	7.828	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.218	7.83	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.708	11.45	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.706	11.453	2551
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.414	133.321	13251
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.413	133.318	13252

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.13-3.211	0.355	39	0.301	759	0.303	800	0.772	0.796	99.75	0.279
3.211-3.299	0.233	40	0.299	729	0.295	770	0.856	0.804	99.8701	0.266
3.299-3.394	0.321	44	0.298	725	0.3	771	0.828	0.822	99.7406	0.27
3.394-3.498	0.337	35	0.295	677	0.297	713	0.823	0.844	99.8597	0.264
3.498-3.613	0.402	36	0.289	670	0.295	706	0.783	0.839	100	0.256
3.613-3.739	0.444	25	0.322	657	0.326	693	0.774	0.852	98.4127	0.288
3.739-3.88	0.42	32	0.271	627	0.277	681	0.75	0.867	96.7695	0.235
3.88-4.037	0.32	29	0.225	600	0.229	631	0.856	0.893	99.683	0.193
4.037-4.216	0.319	26	0.212	599	0.216	625	0.852	0.908	100	0.186
4.216-4.421	0.347	25	0.201	574	0.208	599	0.912	0.932	100	0.177
4.421-4.658	0.201	19	0.15	553	0.152	573	0.948	0.959	99.8255	0.136
4.658-4.939	0.233	15	0.138	527	0.14	542	0.931	0.97	100	0.13
4.939-5.277	0.238	22	0.162	487	0.166	509	0.965	0.962	100	0.156
5.277-5.696	0.282	20	0.181	452	0.185	472	0.924	0.947	100	0.171
5.696-6.234	0.251	19	0.19	427	0.193	446	0.932	0.945	100	0.18
6.234-6.961	0.291	22	0.187	376	0.192	398	0.925	0.949	100	0.188
6.961-8.019	0.244	20	0.178	341	0.181	361	0.947	0.952	100	0.182
8.019-9.777	0.193	23	0.158	293	0.161	317	0.957	0.969	99.6845	0.176
9.777-13.644	0.474	4	0.175	252	0.178	256	0.648	0.971	100	0.199
13.644-59.488	0.292	7	0.324	143	0.322	158	0.879	0.924	94.9367	0.35

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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