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- PDB-7wg3: Structural basis of interleukin-17B receptor in complex with a ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wg3
タイトルStructural basis of interleukin-17B receptor in complex with a neutralizing antibody D9 for guiding humanization and affinity maturation for cancer therapy
要素
  • Heavy chain of D9 Fab
  • IL17RB protein
  • Light chain of D9 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-17B / IL17RB / antibody / complex / interleukin-17 B receptor / pancreatic cancer / cancer target therapy / antibody engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17 receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain ...Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lee, W.H. / Chen, X.R. / Liu, I.J. / Lee, J.H. / Hu, C.M. / Wu, H.C. / Wang, S.K. / Lee, W.H. / Ma, C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis of interleukin-17B receptor in complex with a neutralizing antibody for guiding humanization and affinity maturation.
著者: Lee, W.H. / Chen, X. / Liu, I.J. / Lee, J.H. / Hu, C.M. / Wu, H.C. / Wang, S.K. / Lee, W.H. / Ma, C.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain of D9 Fab
B: Light chain of D9 Fab
C: Light chain of D9 Fab
D: Light chain of D9 Fab
E: Heavy chain of D9 Fab
F: Heavy chain of D9 Fab
G: Heavy chain of D9 Fab
H: Heavy chain of D9 Fab
I: IL17RB protein
J: IL17RB protein
K: IL17RB protein
L: IL17RB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,74632
ポリマ－299,78012
非ポリマー5,96620
水18,7181039
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.020, 195.030, 98.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 1 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 79 or resid 81...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 1 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 1 and (name N or name...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 1 through 42 or (resid 43...
d_2ens_2(chain "F" and ((resid 1 and (name N or name...
d_3ens_2(chain "G" and ((resid 1 and (name N or name...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 1 through 4 or (resid 5...
d_1ens_3(chain "I" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_2ens_3(chain "J" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_3ens_3(chain "K" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_4ens_3(chain "L" and (resid 1 through 19 or (resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNALAA1 - 79
d_12ens_1ASPLEUA81 - 124
d_13ens_1SERCYSA126 - 213
d_21ens_1GLNALAB1 - 79
d_22ens_1ASPLEUB81 - 124
d_23ens_1SERCYSB126 - 213
d_31ens_1GLNALAC1 - 79
d_32ens_1ASPLEUC81 - 124
d_33ens_1SERCYSC126 - 213
d_41ens_1GLNALAD1 - 79
d_42ens_1ASPLEUD81 - 124
d_43ens_1SERCYSD126 - 213
d_11ens_2GLUGLYE1 - 66
d_12ens_2ALASERE68 - 133
d_13ens_2GLYASPE137 - 220
d_21ens_2GLUGLYF1 - 66
d_22ens_2ALASERF68 - 133
d_23ens_2GLYASPF137 - 220
d_31ens_2GLUGLYG1 - 66
d_32ens_2ALASERG68 - 133
d_33ens_2GLYASPG137 - 220
d_41ens_2GLUGLYH1 - 66
d_42ens_2ALASERH68 - 133
d_43ens_2GLYASPH137 - 220
d_11ens_3PROLEUI1 - 55
d_12ens_3SERSERI60 - 75
d_13ens_3TYRTHRI80 - 93
d_14ens_3ARGASNI96 - 126
d_15ens_3PROSERI130 - 199
d_16ens_3VALPROI201 - 248
d_21ens_3PROLEUT1 - 55
d_22ens_3SERSERT60 - 75
d_23ens_3TYRTHRT80 - 93
d_24ens_3ARGSERT96 - 196
d_25ens_3VALPROT198 - 245

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999091434104, -0.0426133181522, -0.000641416815525), (-0.0426132399364, -0.999091634197, 0.000135124892084), (-0.000646592294441, -0.000107669273556, -0.999999785163)-31.1600293565, 99.6941706493, 50.0451357664
2given(0.956368731866, 0.166535852571, -0.240051366415), (-0.132235481787, 0.979396833407, 0.152629027609), (0.260523753362, -0.114226321489, 0.958686456258)-31.7561697108, -2.48190455963, -1.83182694981
3given(0.952912852558, 0.155663045776, -0.260242409321), (0.130950920545, -0.985284184422, -0.109849589601), (-0.273512251714, 0.070598102714, -0.959274181898)6.79331334434, 100.882996816, 53.4961931697
4given(0.955805367117, -0.195810795805, 0.219303972688), (-0.159716204914, -0.972089204955, -0.171852586532), (0.246833616184, 0.12923122632, -0.9604022366)6.23037100157, 97.0950404353, 42.0178508196
5given(0.999568851475, -0.0290463822204, 0.00429171775116), (-0.028991979894, -0.999504740851, -0.0122367527997), (0.00464502563764, 0.012107051547, -0.999915917985)34.1684423384, 99.1058746833, 49.3426113635
6given(0.943911375941, -0.197830354089, 0.264375614175), (0.172260496062, 0.978093738576, 0.116871553656), (-0.281704873699, -0.0647749145758, 0.95731216151)42.9803233012, 2.96565241442, 2.84977335438
7given(0.986426267145, -0.120811093265, -0.111211057141), (-0.123011665069, -0.992318523363, -0.0131178675183), (-0.108772008088, 0.0266200664019, -0.993710230561)5.6250855095, 102.032974997, 52.1963795366
8given(0.991004991039, 0.121845816881, 0.0553417080008), (-0.120381932942, 0.992301952562, -0.0290693165105), (-0.0584576595237, 0.0221456959666, 0.998044222564)-41.332275526, 0.827537728768, -0.723832424071
9given(0.994538818048, -0.1043399558, 0.00239019216464), (-0.104118154393, -0.99348574302, -0.0463194164671), (0.00720758770548, 0.045817595309, -0.998923820238)-30.7752919744, 100.635363775, 46.8712745522

-
要素

-
抗体 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: 抗体
Light chain of D9 Fab


分子量: 23269.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma cell / プラスミド: IgK1 / 詳細 (発現宿主): A gift from Dr. Tse Wen Chang / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Heavy chain of D9 Fab


分子量: 23499.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 詳細 (発現宿主): A gift from Tse Wen Chang / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1043分子 IJKL

#3: タンパク質
IL17RB protein / Interleukin 17 receptor B


分子量: 28176.115 Da / 分子数: 4 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: IL17RB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A3KN55
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1039 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 3種, 20分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 % / 解説: Twinned blade
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 0.1M Bicine, pH 8.2, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Oxford Instrument CryoJet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.007 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月18日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→38.03 Å / Num. obs: 134260 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05615 / Rrim(I) all: 0.07941 / Net I/σ(I): 7.08
反射 シェル解像度: 2.19→2.268 Å / Rmerge(I) obs: 0.508 / Num. unique obs: 13343 / CC1/2: 0.557

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HJG, 4KUZ, 3JVF

4hjg

4kuz

3jvf


解像度: 2.19→38.03 Å / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.7079
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 6853 5.11 %
Rwork0.1931 127371 -
obs0.1954 134224 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20525 0 385 1039 21949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.080729197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06573404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00833667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.31097685
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.891694596232
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.657463923702
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.643631799088
ens_2d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.93536839225
ens_2d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20151683848
ens_2d_4EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.43563510536
ens_3d_2IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.46425211933
ens_3d_3IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.81780479019
ens_3d_4IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS4.28768705718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.210.3212270.26584182X-RAY DIFFRACTION99.98
2.21-2.240.31022230.2684238X-RAY DIFFRACTION99.96
2.24-2.270.33062020.274267X-RAY DIFFRACTION99.98
2.27-2.30.32382330.26784232X-RAY DIFFRACTION99.96
2.3-2.330.3252280.25494248X-RAY DIFFRACTION99.98
2.33-2.360.2852230.24854205X-RAY DIFFRACTION99.98
2.36-2.390.30292370.24834243X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.3172370.24764236X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.470.29012500.24564216X-RAY DIFFRACTION99.98
2.47-2.510.30522170.2374285X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.550.29162110.23394196X-RAY DIFFRACTION99.95
2.55-2.60.28892470.22594292X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.32752060.2254200X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.70.30372180.22794282X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.760.27782290.22834228X-RAY DIFFRACTION99.98
2.76-2.820.28412350.22864253X-RAY DIFFRACTION99.98
2.82-2.890.28642210.22294268X-RAY DIFFRACTION99.98
2.89-2.970.2762490.22764148X-RAY DIFFRACTION99.91
2.97-3.060.26872020.2124298X-RAY DIFFRACTION99.98
3.06-3.160.24682380.20474243X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.270.25442450.19774220X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.40.22752470.19624250X-RAY DIFFRACTION99.96
3.4-3.560.2532130.19324243X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.740.23682490.17784236X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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