PDB-7wg2: EVAA-KlAte1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wg2

タイトル

EVAA-KlAte1

要素

Arginyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Arginyl-tRNA protein transferase 1

機能・相同性

機能・相同性情報

arginyltransferase / arginyl-tRNA--protein transferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Kim, M.K. / Kim, B.H. / Oh, S.-J. / Song, H.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Ate1 arginyl-tRNA-protein transferase and arginylation of N-degron substrates.
著者: Kim, B.H. / Kim, M.K. / Oh, S.J. / Nguyen, K.T. / Kim, J.H. / Varshavsky, A. / Hwang, C.S. / Song, H.K.

履歴

登録	2021年12月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wg2.cif.gz	368.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wg2.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wg2_validation.pdf.gz	575.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wg2_full_validation.pdf.gz	581 KB	表示
XML形式データ	7wg2_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7wg2_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wg2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7wfxC 7wg1C 7wg4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginyltransferase

ヘテロ分子

58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.600, 86.600, 161.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

#1: タンパク質	Arginyltransferase / Arginyl tRNA protein transferase 1 分子量: 57942.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 遺伝子: KLLA0_A04862g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CXX6, arginyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 60mM Divalents (Molecular dimensions), 100mM buffer system 2 pH 7.5 (Molecular dimensions), 33% (v/v) precipitant Mix 4 (Molecular dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→29.49 Å / Num. obs: 61443 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 26.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.99
反射シェル	解像度: 1.76→1.823 Å / Num. unique obs: 6037 / CC_1/2: 0.711

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.76→29.49 Å / SU ML: 0.2186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5507
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2121	3073	5 %
R_work	0.1795	58360	-
obs	0.1812	61433	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	1	339	4288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	4043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0729	5473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9114	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.79	0.3557	137	0.3468	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.79-1.82	0.3048	137	0.2855	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.82-1.85	0.3156	139	0.2687	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.85-1.88	0.2738	137	0.252	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.88-1.92	0.2767	137	0.2163	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2158	137	0.1988	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.96-2	0.227	137	0.1919	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.05	0.2377	139	0.1886	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.1	0.2282	137	0.196	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.2104	140	0.1907	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.15-2.22	0.2057	137	0.1618	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.29	0.2006	139	0.1556	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.37	0.1934	138	0.1586	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.47	0.1951	140	0.1597	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.58	0.2044	138	0.1638	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.71	0.2002	141	0.1767	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.88	0.2131	140	0.1798	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.11	0.2127	141	0.1841	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.42	0.2276	141	0.1835	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.91	0.2101	143	0.1687	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.92	0.1663	144	0.1459	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-29.49	0.2168	154	0.1896	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.3073367442 Å / Origin y: -6.84595739382 Å / Origin z: 13.2674168783 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.133741755234 Å²	0.0144746762745 Å²	0.0148458318796 Å²	-	0.181240427196 Å²	-0.0102130579828 Å²	-	-	0.144212370015 Å²
L	1.21737250546 °²	0.214428238975 °²	0.00511863442937 °²	-	0.581597914827 °²	-0.157278045146 °²	-	-	0.718275094886 °²
S	-0.0142612880936 Å °	-0.172758226713 Å °	0.0406545180113 Å °	-0.00256990979824 Å °	-0.016429783195 Å °	-0.0183314958013 Å °	-0.0382336272481 Å °	0.0859921139234 Å °	-0.000508639612633 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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