+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wg4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | DVAA-KlAte1 | ||||||
![]() | Arginyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Arginyl-tRNA protein transferase 1 | ||||||
Function / homology | ![]() arginyltransferase / arginyl-tRNA--protein transferase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, M.K. / Kim, B.H. / Oh, S.-J. / Song, H.K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the Ate1 arginyl-tRNA-protein transferase and arginylation of N-degron substrates. Authors: Kim, B.H. / Kim, M.K. / Oh, S.J. / Nguyen, K.T. / Kim, J.H. / Varshavsky, A. / Hwang, C.S. / Song, H.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 249.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 162.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 638.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 643.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7wfxC ![]() 7wg1C ![]() 7wg2C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 57928.262 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: KLLA0_A04862g / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.52 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 60mM Divalents (Molecular dimensions), 100mM buffer system 2 pH 7.5 (Molecular dimensions), 33% (v/v) precipitant Mix 4 (Molecular dimensions) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→28.57 Å / Num. obs: 93627 / % possible obs: 97.56 % / Redundancy: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.27 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.564 Å / Num. unique obs: 9062 / CC1/2: 0.516 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→28.57 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|