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万見
- PDB-7wf6: Crystal structure of SNX13 RGS domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wf6
タイトルCrystal structure of SNX13 RGS domain
要素Sorting nexin-13
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Sorting nexin / RGS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3-phosphate binding / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of signal transduction / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / early endosome membrane / early endosome
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-13, PX domain / SNX13, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 ...Sorting nexin-13, PX domain / SNX13, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Xu, J. / Zhu, J. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171213 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Studies Reveal Unique Non-canonical Regulators of G Protein Signaling Homology (RH) Domains in Sorting Nexins.
著者: Zhang, Y. / Chen, R. / Dong, Y. / Zhu, J. / Su, K. / Liu, J. / Xu, J.
履歴
登録2021年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0435
ポリマ－17,9011
非ポリマー1424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)165.328, 165.328, 165.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-13 / RGS domain- and PHOX domain-containing protein / RGS-PX1


分子量: 17901.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX13, KIAA0713 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5W8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.7 M Sodium citrate tribasic, 0.1 M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→29.23 Å / Num. obs: 12744 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 40.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.383 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.389 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 516745 / Scaling rejects: 8767
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.25-3.5139.91.14210127025380.6090.1821.1574100
8.59-29.2328.90.232225297800.9880.0410.23514.497.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C7K

3c7k


解像度: 3.25→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.973 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 621 4.9 %RANDOM
Rwork0.2185 ---
obs0.2188 11986 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 98.134 Å2 / Biso min: 66.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1199 0 4 0 1203
Biso mean--105.28 --
残基数----145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.6471656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2881.5722577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1225143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42822.17978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.30315213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02271
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.332 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 38 -
Rwork0.415 853 -
all-891 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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