PDB-7wdv: Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wdv

タイトル

Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 1

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.812 Å

データ登録者

Watanabe, M. / Matsuzawa, T. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of metagenomic beta-glycosidase MeBglD2 in complex with various saccharides
著者: Matsuzawa, T. / Watanabe, M. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wdv.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wdv.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wdv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wdoC 7wdpC 7wdrC 7wdsC 5xgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.051, 203.051, 203.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-904- HOH
2	1	A-934- HOH

#1: タンパク質

Beta-glucosidase

分子量: 52127.074 Da / 分子数: 1 / 変異: E356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E1FFN6, beta-glucosidase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 8.5), 1.2 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 64454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.6 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 77.5
反射シェル	解像度: 1.81→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.824 / Num. unique obs: 3170

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XGZ

5xgz

解像度: 1.812→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.176 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 1.863 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9753 / Average fsc work: 0.9819 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1848	3209	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1581	61232	-	-
all	0.159	-	-	-
obs	-	64441	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.812→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3598	0	55	394	4047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.016	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.648	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	1.551	7568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.483	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.195	10	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.052	10	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.434	10	202
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.159	1.812	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.159	1.812	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.231	2.705	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.231	2.709	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.53	2.199	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.529	2.199	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.475	3.163	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.474	3.164	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.995	23.346	4468
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.995	23.346	4468

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.812-1.859	0.254	262	0.209	4414	0.211	4676	0.956	0.969	100	0.174
1.859-1.909	0.213	212	0.192	4349	0.193	4561	0.969	0.975	100	0.16
1.909-1.964	0.227	215	0.189	4246	0.191	4461	0.967	0.976	100	0.159
1.964-2.025	0.204	218	0.179	4103	0.18	4321	0.973	0.979	100	0.152
2.025-2.091	0.201	202	0.175	4011	0.176	4213	0.973	0.98	100	0.15
2.091-2.164	0.202	195	0.172	3844	0.173	4039	0.974	0.981	100	0.149
2.164-2.245	0.185	173	0.155	3767	0.157	3940	0.979	0.985	100	0.135
2.245-2.336	0.188	189	0.158	3591	0.16	3780	0.976	0.984	100	0.139
2.336-2.439	0.186	175	0.157	3468	0.158	3643	0.978	0.985	100	0.138
2.439-2.557	0.171	172	0.155	3299	0.155	3471	0.982	0.986	100	0.138
2.557-2.695	0.193	167	0.148	3141	0.15	3308	0.98	0.987	100	0.136
2.695-2.857	0.189	177	0.155	2988	0.157	3165	0.979	0.985	100	0.144
2.857-3.052	0.185	173	0.16	2792	0.162	2965	0.977	0.984	100	0.152
3.052-3.294	0.196	125	0.161	2648	0.163	2773	0.975	0.984	100	0.158
3.294-3.604	0.166	144	0.15	2425	0.151	2569	0.983	0.987	100	0.152
3.604-4.022	0.165	117	0.136	2228	0.138	2345	0.985	0.989	100	0.143
4.022-4.63	0.13	102	0.117	1993	0.118	2095	0.991	0.992	100	0.13
4.63-5.637	0.163	82	0.131	1707	0.133	1789	0.985	0.99	100	0.147
5.637-7.835	0.182	64	0.168	1367	0.169	1431	0.984	0.983	100	0.187
7.835-30.002	0.196	45	0.189	851	0.19	902	0.979	0.977	99.3348	0.231

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関連情報:EMDBヘッダ

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