PDB-7wds: Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wds

タイトル

Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 1

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Watanabe, M. / Matsuzawa, T. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of metagenomic beta-glycosidase MeBglD2 in complex with various saccharides
著者: Matsuzawa, T. / Watanabe, M. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wds.cif.gz	208.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wds.ent.gz	166 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wds_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wds_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7wds_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	7wds_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wdoC 7wdpC 7wdrC 7wdvC 5xgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.169, 203.169, 203.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-723- HOH
2	1	A-847- HOH

#1: タンパク質

Beta-glucosidase

分子量: 52185.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E1FFN6, beta-glucosidase

#2: 糖

ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 8.5), 1.2 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 80168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.3 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / R_merge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 3894

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XGZ

5xgz

解像度: 1.68→41.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.318 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22864	3918	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16536	-	-	-
obs	0.16847	76179	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.144 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.43 Å²	-10.71 Å²	-28.81 Å²
2-	-	23.19 Å²	-13.27 Å²
3-	-	-	-30.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.68→41.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3596	0	30	294	3920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.975	1.653	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.493	1.58	7562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.974	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.521	21.159	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.633	15	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.285	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.64	2.833	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.639	2.831	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.195	4.247	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.195	4.248	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.667	3.236	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.531	3.222	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.354	4.709	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.58	34.251	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.563	33.928	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.299	3	7024
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.684→1.728 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	270	-
R_work	0.304	5593	-
obs	-	-	99.95 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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