PDB-7wdo: Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wdo

タイトル

Crystal structures of MeBglD2 in complex with various saccharides

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 1

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Watanabe, M. / Matsuzawa, T. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of metagenomic beta-glycosidase MeBglD2 in complex with various saccharides
著者: Matsuzawa, T. / Watanabe, M. / Nakamichi, Y. / Akita, H. / Yaoi, K.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wdo.cif.gz	116.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wdo.ent.gz	85.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wdpC 7wdrC 7wdsC 7wdvC 5xgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.840, 203.840, 203.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

#1: タンパク質

Beta-glucosidase

分子量: 52185.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E1FFN6, beta-glucosidase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl buffer (pH 8.5), 1.2 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36279 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 57.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.468 / Num. unique obs: 1767

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XGZ

5xgz

解像度: 2.21→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.179 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 3.778 / SU ML: 0.096 / Average fsc free: 0.972 / Average fsc work: 0.9822 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1959	1868	5.154 %	RANDOM
R_work	0.1623	34377	-	-
all	0.164	-	-	-
obs	-	36245	99.893 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.421 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	45	265	3912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.041	0.016	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.647	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.12	1.551	7480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.159	10	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.577	10	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.399	10	199
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	836
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.342	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.384	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.95	3.168	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.936	3.169	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.274	4.737	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.276	4.741	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.909	3.46	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.908	3.46	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.555	5.068	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.554	5.068	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.004	36.626	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.005	36.627	4265

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.21-2.267	0.247	137	0.191	2491	0.194	2631	0.962	0.977	99.886	0.158
2.267-2.329	0.287	134	0.209	2398	0.213	2533	0.957	0.974	99.9605	0.17
2.329-2.396	0.272	127	0.19	2376	0.194	2503	0.961	0.978	100	0.154
2.396-2.469	0.223	125	0.187	2290	0.189	2415	0.97	0.979	100	0.149
2.469-2.55	0.262	130	0.185	2221	0.189	2351	0.963	0.979	100	0.153
2.55-2.639	0.268	127	0.186	2154	0.19	2283	0.959	0.98	99.9124	0.156
2.639-2.737	0.217	131	0.17	2068	0.173	2199	0.974	0.983	100	0.144
2.737-2.848	0.186	118	0.158	2017	0.16	2138	0.974	0.985	99.8597	0.136
2.848-2.974	0.209	90	0.161	1931	0.163	2021	0.975	0.984	100	0.143
2.974-3.117	0.2	106	0.164	1844	0.166	1951	0.975	0.983	99.9487	0.148
3.117-3.284	0.19	106	0.177	1780	0.177	1886	0.976	0.982	100	0.163
3.284-3.48	0.216	80	0.179	1684	0.181	1764	0.98	0.982	100	0.171
3.48-3.717	0.177	110	0.17	1559	0.171	1669	0.982	0.984	100	0.166
3.717-4.01	0.195	62	0.157	1511	0.159	1573	0.979	0.987	100	0.156
4.01-4.385	0.169	64	0.134	1393	0.136	1457	0.987	0.99	100	0.138
4.385-4.889	0.123	60	0.119	1258	0.119	1318	0.99	0.992	100	0.127
4.889-5.621	0.156	50	0.142	1129	0.142	1179	0.986	0.989	100	0.15
5.621-6.825	0.175	55	0.141	972	0.143	1027	0.983	0.988	100	0.149
6.825-9.411	0.151	28	0.139	795	0.14	823	0.989	0.988	100	0.153
9.411-30.002	0.156	28	0.182	506	0.181	536	0.984	0.981	99.6269	0.22

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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