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万見
- PDB-7wdj: The 0.90 angstrom X-ray structure of the human heart fatty acid-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wdj
タイトルThe 0.90 angstrom X-ray structure of the human heart fatty acid-binding protein complexed with linoleic acid
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FABP3 / complex / binding protein / linoleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport ...positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / oleic acid binding / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Sugiyama, S. / Matsuoka, S. / Tsuchikawa, H. / Sonoyama, M. / Inoue, Y. / Hayashi, F. / Murata, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJTM19DC 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1005 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06588 日本
Other private09-003-005 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The 0.90 angstrom X-ray structure of the human heart fatty acid-binding protein complexed with linoleic acid
著者: Sugiyama, S. / Matsuoka, S. / Tsuchikawa, H. / Sonoyama, M. / Inoue, Y. / Hayashi, F. / Murata, M.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7244
ポリマ－14,8791
非ポリマー8453
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.620, 69.733, 33.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI / Muscle fatty acid-binding protein / M-FABP


分子量: 14879.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP3, FABP11, MDGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05413
#2: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes-NaOH (pH7.5), 60% PEG 400 or 0.1M Glycine-NaOH (pH9.0), 60% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.75 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→43 Å / Num. obs: 95206 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 0.9→0.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WVM

3wvm


解像度: 0.9→30.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.357 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12647 4773 5 %RANDOM
Rwork0.11863 ---
obs0.11902 90365 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.9→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1039 0 40 148 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0131286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0181257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2981.6921739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6561.6892950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.46324.6354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0215241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.962154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7830.833623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7560.823622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0861.214805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1041.223806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0341.231663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.0161.235663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1881.667935
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.17910.831364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.99610.5671338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.73332541
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 0.9→0.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 355 -
Rwork0.219 6581 -
obs--99.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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