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- PDB-7wcv: Co-crystal structure of FTO bound to 6e -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wcv
タイトルCo-crystal structure of FTO bound to 6e
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
キーワードOXIDOREDUCTASE / RNA demethylase / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...regulation of white fat cell proliferation / tRNA demethylase activity / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / regulation of respiratory system process / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / snRNA processing / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / DNA alkylation repair / temperature homeostasis / mRNA destabilization / regulation of multicellular organism growth / adipose tissue development / ferrous iron binding / transferase activity / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, C-terminal / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO, catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / FTO, C-terminal domain superfamily / FTO catalytic domain / FTO C-terminal domain / FTO catalytic domain / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-943 / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, C.-G. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21725801 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Activity Relationships and Antileukemia Effects of the Tricyclic Benzoic Acid FTO Inhibitors.
著者: Liu, Z. / Duan, Z. / Zhang, D. / Xiao, P. / Zhang, T. / Xu, H. / Wang, C.H. / Rao, G.W. / Gan, J. / Huang, Y. / Yang, C.G. / Dong, Z.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0214
ポリマ－56,4611
非ポリマー5603
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.759, 141.759, 83.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO / Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)- ...Fat mass and obesity-associated protein / U6 small nuclear RNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / U6 small nuclear RNA N(6)-methyladenosine-demethylase FTO / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-demethylase FTO / m6A(m)-demethylase FTO / mRNA N(6)-methyladenosine demethylase FTO / tRNA N1-methyl adenine demethylase FTO


分子量: 56460.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTO, KIAA1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9C0B1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, mRNA N6-methyladenine demethylase
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-943 / 2-[[2,6-bis(chloranyl)-4-pyridin-4-yl-phenyl]amino]benzoic acid


分子量: 359.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12Cl2N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.6, 11.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350,8% isopropanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.82 Å / Num. obs: 27777 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 58.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.3→28.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 27777

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KQN

4kqn


解像度: 2.3→28.817 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1394 5.04 %
Rwork0.2025 26291 -
obs0.2043 27685 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.82 Å2 / Biso mean: 76.3443 Å2 / Biso min: 38.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→28.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 35 26 3419
Biso mean--81.23 64.96 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6464740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4752055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3001-2.38220.34431260.31072674100
2.3822-2.47760.28591480.28592636100
2.4776-2.59030.29171430.2578259799
2.5903-2.72670.29681480.2526264399
2.7267-2.89740.27231360.2427260999
2.8974-3.12090.27551450.2312620100
3.1209-3.43450.25631570.22432631100
3.4345-3.93040.28621370.2151260098
3.9304-4.94780.19091310.1641262999
4.9478-28.8170.19551230.17222652100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4015 Å / Origin y: -24.3921 Å / Origin z: -2.2658 Å
111213212223313233
T0.4083 Å20.0324 Å2-0.0382 Å2-0.413 Å20.0492 Å2--0.3754 Å2
L3.9173 °21.9787 °21.4145 °2-2.6793 °20.88 °2--1.5707 °2
S0.2519 Å °0.1506 Å °-0.4474 Å °0.2596 Å °0.0094 Å °-0.1535 Å °0.338 Å °0.2351 Å °-0.2424 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 1550
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 38
4X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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