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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wcc | ||||||
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タイトル | Oxidase ChaP-D49L/Q91C mutant | ||||||
要素 | ChaP | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / ChaP / Oxidative Rearrangement Steps / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces chartreusis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, M.X. / Zheng, W. / Wang, Y.S. / Zhu, J.P. / Tan, R.X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Oxidase ChaP-D49L/Q91C mutant 著者: Sun, M.X. / Zheng, W. / Wang, Y.S. / Zhu, J.P. / Tan, R.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wcc.cif.gz | 217.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wcc.ent.gz | 173.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wcc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6a4zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14416.248 Da / 分子数: 4 / 変異: D49L,Y109F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces chartreusis (バクテリア) 遺伝子: chaP, HUT05_05055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4R0L3 #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: Magnesium chloride hexahydrate, Calcium chloride dihygrate, Tris(base), BICINE, MPD, PEG 1000, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→28.88 Å / Num. obs: 90164 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2256 / CC1/2: 0.762 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6A4Z 解像度: 1.5→28.88 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.7703 Å / Origin y: -18.3422 Å / Origin z: 35.8983 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |