PDB-7wc0: Crystal structure of Fab region of TAU-2212 neutralizing SARS-CoV-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wc0

タイトル

Crystal structure of Fab region of TAU-2212 neutralizing SARS-CoV-2

要素

TAU-2212 Heavy chain
TAU-2212 Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.705 Å

データ登録者

Xiang, Y. / Li, R. / Ma, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Conformational flexibility in neutralization of SARS-CoV-2 by naturally elicited anti-SARS-CoV-2 antibodies.
著者: Ruofan Li / Michael Mor / Bingting Ma / Alex E Clark / Joel Alter / Michal Werbner / Jamie Casey Lee / Sandra L Leibel / Aaron F Carlin / Moshe Dessau / Meital Gal-Tanamy / Ben A Croker / Ye ...
要旨: As new variants of SARS-CoV-2 continue to emerge, it is important to assess the cross-neutralizing capabilities of antibodies naturally elicited during wild type SARS-CoV-2 infection. In the present ...

履歴

登録	2021年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wc0.cif.gz	319.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wc0.ent.gz	254 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wc0_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wc0_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	7wc0_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	7wc0_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	32411C 32416C 32417C 32418C 32419C 32420C 32421C 7wbzC 7wcdC 7k8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: TAU-2212 Heavy chain

L: TAU-2212 Light chain

A: TAU-2212 Heavy chain

B: TAU-2212 Light chain

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: TAU-2212 Heavy chain

L: TAU-2212 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: TAU-2212 Heavy chain

B: TAU-2212 Light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.977, 75.977, 348.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	H
2	1	A
3	2	L
4	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	H	A	2 - 222	21 - 241
2	2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	C	2 - 222	21 - 241
3	3	2	ALA	ALA	HIS	HIS	L	B	3 - 203	22 - 222
4	4	2	ALA	ALA	HIS	HIS	B	D	3 - 203	22 - 222

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	TAU-2212 Heavy chain 分子量: 27087.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	TAU-2212 Light chain 分子量: 24892.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化	温度: 309 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.603
1	1	-K, -H, -L	2	0.397

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 30854 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 1.827 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 450999

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	14.1	0.904	1532	0.916	0.243	0.937	0.526	100
2.75-2.8	15	0.804	1545	0.926	0.212	0.832	0.556	100
2.8-2.85	15.7	0.723	1517	0.945	0.187	0.747	0.575	100
2.85-2.91	15.8	0.604	1578	0.969	0.156	0.624	0.623	100
2.91-2.97	15.7	0.509	1506	0.975	0.132	0.526	0.658	100
2.97-3.04	15.6	0.455	1559	0.973	0.118	0.47	0.772	100
3.04-3.12	15.2	0.382	1511	0.981	0.101	0.395	0.848	100
3.12-3.2	14.1	0.338	1553	0.981	0.093	0.351	0.923	100
3.2-3.29	14.2	0.268	1569	0.985	0.073	0.278	1.173	100
3.29-3.4	15.1	0.24	1516	0.988	0.064	0.249	1.424	100
3.4-3.52	13.9	0.209	1525	0.986	0.058	0.217	1.779	100
3.52-3.66	14.2	0.183	1542	0.995	0.05	0.19	2.031	100
3.66-3.83	15.2	0.162	1539	0.995	0.044	0.168	2.231	100
3.83-4.03	14.5	0.146	1546	0.993	0.04	0.151	2.633	100
4.03-4.28	13.9	0.115	1542	0.996	0.033	0.119	3.044	99.9
4.28-4.61	13.5	0.098	1531	0.995	0.028	0.102	3.32	100
4.61-5.07	12.9	0.094	1572	0.996	0.028	0.098	3.57	100
5.07-5.8	13.2	0.091	1538	0.998	0.027	0.095	3.542	99.9
5.8-7.3	14.1	0.082	1555	0.997	0.023	0.085	3.386	100
7.3-30	16.5	0.061	1578	0.999	0.015	0.063	3.587	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	721.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7K8Q

7k8q

解像度: 2.705→29.746 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 21.066 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.068
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	1554	5.052 %	RANDOM
R_work	0.2015	29204	-	-
all	0.204	-	-	-
obs	-	30758	99.673 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.446 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.446 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.893 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.705→29.746 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6293	0	0	333	6626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.969	1.636	8827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.463	5	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.087	23.227	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.884	15	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.081	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.307	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.357	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.282	5.445	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.379	8.157	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.084	5.549	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.027	8.225	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.351	101.643	25289
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.192	0.05	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.207	0.05	4938

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19173	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.19173	0.05007
2	3	L	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.2071	0.05007
2	4	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.2071	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.705-2.775	0.326	112	0.251	2039	X-RAY DIFFRACTION	96.6307
2.775-2.851	0.345	116	0.271	2123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-2.933	0.296	112	0.265	2086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.933-3.024	0.319	100	0.235	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.122	0.283	109	0.231	1929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.122-3.232	0.351	105	0.243	1854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.232-3.354	0.313	103	0.228	1808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.354-3.49	0.336	92	0.231	1722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.645	0.225	98	0.211	1679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.645-3.822	0.248	63	0.199	1590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.822-4.028	0.298	95	0.192	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
4.028-4.271	0.184	85	0.185	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.271-4.565	0.229	63	0.174	1354	X-RAY DIFFRACTION	100
4.565-4.929	0.158	54	0.163	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
4.929-5.396	0.197	49	0.174	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
5.396-6.028	0.212	48	0.193	1040	X-RAY DIFFRACTION	100
6.028-6.951	0.261	42	0.223	949	X-RAY DIFFRACTION	100
6.951-8.489	0.215	47	0.194	776	X-RAY DIFFRACTION	100
8.489-11.907	0.163	44	0.151	593	X-RAY DIFFRACTION	100
11.907-29.746	0.316	17	0.206	324	X-RAY DIFFRACTION	92.9155

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7024	0.0761	-1.1843	2.0409	0.2154	1.1843	0.0391	-0.091	-0.0194	-0.097	-0.124	-0.0756	-0.0477	0.0533	0.0849	0.5959	0.0755	0.0011	0.54	-0.0316	0.0176	56.203	-27.353	-17.119
2	1.8409	0.9188	-0.3992	3.4318	-0.1622	0.6928	0.0082	0.2618	-0.2442	-0.4283	-0.0992	0.252	0.0382	-0.2749	0.0911	0.6231	0.0605	-0.0454	0.5525	-0.0743	0.1086	34.966	-6.152	2.553
3	1.8385	0.1545	-0.4149	3.0826	0.7791	1.9908	0.0486	-0.17	0.2256	-0.0291	-0.1349	-0.0195	-0.1199	0.091	0.0864	0.5487	0.049	0.0477	0.5278	0.0339	0.0552	59.467	-29.438	19.559
4	1.9247	1.0861	-0.303	3.2128	-0.2056	0.7325	0.0389	-0.1883	0.1772	0.2102	-0.1016	-0.031	0.0009	0.2077	0.0628	0.6339	0.0716	0.0286	0.5377	0.0124	0.0536	88.039	-39.007	0.661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	H	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	L	3 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	H	123 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	L	111 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	2 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	2 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	123 - 222
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	111 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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