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- PDB-7wbm: Crystal structure of Legionella pneumophila effector protein Lpg0081 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wbm
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila effector protein Lpg0081
要素Lpg0081
キーワードHYDROLASE / MacroD-type ADP-ribose hydrolase
機能・相同性Chem-AR6 / Dot/Icm T4SS effector
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, J. / Kim, H. / Oh, B.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1A4A3079755 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Reversible modification of mitochondrial ADP/ATP translocases by paired Legionella effector proteins.
著者: Kubori, T. / Lee, J. / Kim, H. / Yamazaki, K. / Nishikawa, M. / Kitao, T. / Oh, B.H. / Nagai, H.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lpg0081
B: Lpg0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1514
ポリマ－94,0332
非ポリマー1,1192
水2,000111
1
A: Lpg0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5762
ポリマ－47,0161
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lpg0081
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5762
ポリマ－47,0161
非ポリマー5591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.968, 92.747, 109.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Lpg0081


分子量: 47016.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
遺伝子: lpg0081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZZD0
#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.65M Na,K tartrate, 0.2M lithium sulfate, 3% (w/v) sucrose, 0.1M CHES (pH 9.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 143455 / % possible obs: 97.93 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 51.93 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.51
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / Num. unique obs: 9096 / CC1/2: 0.696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WBK

7wbk


解像度: 2.7→35.83 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 1552 5.12 %
Rwork0.1543 --
obs0.1568 30342 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6652 0 72 111 6835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1649376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.793924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.19461290.12712507X-RAY DIFFRACTION94
2.79-2.890.18631200.11852584X-RAY DIFFRACTION97
2.89-30.18131450.12482580X-RAY DIFFRACTION97
3-3.140.17311470.13382571X-RAY DIFFRACTION97
3.14-3.30.21941560.16042604X-RAY DIFFRACTION98
3.3-3.510.20661310.16542638X-RAY DIFFRACTION99
3.51-3.780.21281660.16712608X-RAY DIFFRACTION99
3.78-4.160.22291450.16212650X-RAY DIFFRACTION99
4.16-4.760.18151410.15132655X-RAY DIFFRACTION99
4.76-5.990.22861330.1632662X-RAY DIFFRACTION99
6-35.830.18991390.1642731X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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