PDB-7wbk: Crystal structure of Legionella pneumophila effector protein Lpg0081

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wbk

タイトル

Crystal structure of Legionella pneumophila effector protein Lpg0081

要素

Lpg0081

キーワード

HYDROLASE / MacroD-type ADP-ribose hydrolase

機能・相同性

Type IV secretion protein Dot

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Lee, J. / Kim, H. / Oh, B.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Reversible modification of mitochondrial ADP/ATP translocases by paired Legionella effector proteins.
著者: Kubori, T. / Lee, J. / Kim, H. / Yamazaki, K. / Nishikawa, M. / Kitao, T. / Oh, B.H. / Nagai, H.

履歴

登録	2021年12月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wbk.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wbk.ent.gz	139.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wbmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lpg0081

B: Lpg0081

ヘテロ分子

94.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lpg0081

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lpg0081

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.131, 93.551, 108.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.554, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	chain 'A'	A	A	17 - 208	2 - 193
1	2	ALA	ALA	VAL	VAL	chain 'A'	A	A	211 - 278	196 - 263
1	3	GLY	GLY	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	281 - 387	266 - 372
1	4	ILE	ILE	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	390 - 402	375 - 387
1	5	ASN	ASN	VAL	VAL	chain 'A'	A	A	405 - 429	390 - 414
2	6	LYS	LYS	LYS	LYS	chain 'B'	B	B	17 - 208	2 - 193
2	7	ALA	ALA	VAL	VAL	chain 'B'	B	B	211 - 278	196 - 263
2	8	GLY	GLY	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	281 - 387	266 - 372
2	9	ILE	ILE	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	390 - 402	375 - 387
2	10	ASN	ASN	VAL	VAL	chain 'B'	B	B	405 - 429	390 - 414

#1: タンパク質	Lpg0081 分子量: 47250.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: lpg0081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZZD0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.65M Na/K tartrate, 0.2M lithium sulfate, 3% (w/v) sucrose, 0.1M CHES (pH 9.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→36.08 Å / Num. obs: 29975 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 51.93 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0968 / R_pim(I) all: 0.03958 / R_rim(I) all: 0.1047 / Net I/σ(I): 17.45
反射シェル	解像度: 2.74→2.838 Å / Num. unique obs: 20253 / CC_1/2: 0.945 / % possible all: 91.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1-3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.74→36.08 Å / SU ML: 0.2973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.4712
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	3921	6.73 %
R_work	0.172	54360	-
obs	0.1752	29790	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→36.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6652	0	10	35	6697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	6840
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	9268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0604	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2021	896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.77	0.2879	120	0.2521	1684	X-RAY DIFFRACTION	83.33
2.77-2.81	0.2553	136	0.2477	1911	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.81-2.85	0.3481	144	0.2285	1963	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.85-2.88	0.2861	143	0.2229	1983	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.88-2.93	0.2601	141	0.2053	1940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.97	0.2597	137	0.2115	1921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.02	0.2286	140	0.2054	1976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.07	0.3243	141	0.1975	1923	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.07-3.12	0.2611	149	0.207	2036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.17	0.285	133	0.2123	1845	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.17-3.24	0.2961	144	0.2011	2032	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.3	0.2471	142	0.2205	1921	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.3-3.37	0.2367	140	0.2167	1965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.45	0.2639	138	0.2068	1924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.54	0.2305	141	0.1868	1998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.63	0.2381	141	0.1859	1920	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.63-3.74	0.2545	145	0.1695	1997	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.74-3.86	0.195	141	0.1732	1927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4	0.2385	142	0.1627	1957	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4-4.16	0.2089	141	0.1557	1962	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.16-4.35	0.2023	140	0.1559	1928	X-RAY DIFFRACTION	99.33
4.35-4.58	0.1867	141	0.1416	1940	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.58-4.86	0.1971	136	0.1347	1939	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.86-5.24	0.1832	141	0.1413	1949	X-RAY DIFFRACTION	99.67
5.24-5.76	0.1805	142	0.153	2002	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.77-6.6	0.195	140	0.1535	1930	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.6-8.3	0.1919	141	0.1482	1958	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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