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万見
- PDB-7wbi: BF2*1901-FLU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wbi
タイトルBF2*1901-FLU
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • ILE-ARG-HIS-GLU-ASN-ARG-MET-VAL-LEU
  • MHC class I alpha chain 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I alpha chain 2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
uncultured virus (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, W.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2023
タイトル: A Wider and Deeper Peptide-Binding Groove for the Class I Molecules from B15 Compared with B19 Chickens Correlates with Relative Resistance to Marek's Disease.
著者: Han, L. / Wu, S. / Zhang, T. / Peng, W. / Zhao, M. / Yue, C. / Wen, W. / Cai, W. / Li, M. / Wallny, H.J. / Avila, D.W. / Mwangi, W. / Nair, V. / Ternette, N. / Guo, Y. / Zhao, Y. / Chai, Y. / ...著者: Han, L. / Wu, S. / Zhang, T. / Peng, W. / Zhao, M. / Yue, C. / Wen, W. / Cai, W. / Li, M. / Wallny, H.J. / Avila, D.W. / Mwangi, W. / Nair, V. / Ternette, N. / Guo, Y. / Zhao, Y. / Chai, Y. / Qi, J. / Liang, H. / Gao, G.F. / Kaufman, J. / Liu, W.J.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I alpha chain 2
B: Beta-2-microglobulin
C: ILE-ARG-HIS-GLU-ASN-ARG-MET-VAL-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0353
ポリマ－43,0353
非ポリマー00
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.955, 76.148, 102.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MHC class I alpha chain 2 / MHC class I molecule


分子量: 30801.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0ZXM5
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11062.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド ILE-ARG-HIS-GLU-ASN-ARG-MET-VAL-LEU


分子量: 1170.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) uncultured virus (環境試料)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 and 28% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35678 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 16.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. unique obs: 35671

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YEZ

2yez


解像度: 1.8→35.71 Å / SU ML: 0.1604 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.7213 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 1788 5.01 %
Rwork0.1666 33890 -
obs0.1683 35678 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3026 0 0 461 3487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00643115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87834236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0586429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.81361816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.21631360.16872552X-RAY DIFFRACTION99.85
1.85-1.90.22371510.1722561X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.20491210.17122554X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.21971350.16512589X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.120.19491270.16932590X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.210.20871350.16782562X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.23011380.16192588X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.470.19621310.1712602X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.670.22221490.17882619X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.930.19561370.17752587X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.360.17931450.16842628X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.1791310.15062682X-RAY DIFFRACTION100
4.23-35.710.19691520.16582776X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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