PDB-7wax: MurJ inward occluded form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wax

タイトル

MurJ inward occluded form

要素

lipid II flippase MurJ

キーワード

LIPID TRANSPORT / 14 transmembrane helices / inner membrane / Lipid II / MOP superfamily

機能・相同性

(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

機能・相同性情報

生物種

Arsenophonus endosymbiont of Nilaparvata lugens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Tsukazaki, T. / Kohga, H. / Tanaka, Y. / Yoshikaie, K. / Taniguchi, K. / Fujimoto, K.

資金援助

日本, 7件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21H05155	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21H05153	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K19226	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21KK0125	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19K22395	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18KK0197	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H02405	日本

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a "squeezed" form distinct from its inward- and outward-facing forms.
著者: Kohga, H. / Mori, T. / Tanaka, Y. / Yoshikaie, K. / Taniguchi, K. / Fujimoto, K. / Fritz, L. / Schneider, T. / Tsukazaki, T.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wax.cif.gz	216 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wax.ent.gz	173.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wax_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wax_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7wax_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	7wax_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wagC 7wawC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lipid II flippase MurJ

ヘテロ分子

59.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.560, 72.440, 75.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	lipid II flippase MurJ 分子量: 56279.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arsenophonus endosymbiont of Nilaparvata lugens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: MPD, MgCl2, Tris-HCl / PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→37.48 Å / Num. obs: 25372 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 37.9 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.92
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / Num. unique obs: 2530 / CC_1/2: 0.696

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.18rc7_3834: ???) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→37.48 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	1996	7.87 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2122	25372	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3961	0	216	101	4278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.359	5769
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.759	718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.2689	138	0.2356	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.47	0.2923	149	0.2469	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.55	0.3046	131	0.2354	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.63	0.2376	148	0.2268	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.72	0.2519	148	0.2123	1663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.83	0.2543	134	0.208	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.96	0.2627	141	0.2051	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.12	0.2595	139	0.2115	1678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.31	0.2588	147	0.212	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.57	0.2296	135	0.1934	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.93	0.2309	141	0.1942	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.49	0.2286	148	0.1888	1672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.66	0.2819	151	0.2192	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-37.48	0.2574	146	0.2066	961562	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3656	-0.9327	-0.8162	1.0319	0.5808	0.5095	-0.0557	-0.3263	-0.4362	-0.1373	-0.0036	0.2685	0.0686	-0.1177	0.0571	0.1756	-0.0016	-0.0039	0.3523	0.043	0.3301	21.2705	5.4542	30.3089
2	2.1871	1.4371	-1.8121	2.5368	-0.1857	1.8971	-0.1031	-0.2622	0.5521	0.0269	0.0516	-0.2637	-0.2587	0.0676	-0.0556	0.1423	0.0314	-0.0034	0.2713	-0.1574	0.3453	25.8809	17.8898	29.5558
3	0.4301	-0.4151	-0.152	1.2176	0.4545	0.6532	-0.1002	-0.5139	-0.2153	-0.1086	-0.0279	0.2851	0.2012	-0.0371	0.074	0.1345	0.0021	-0.0004	0.4473	-0.0076	0.3487	17.5992	3.7098	32.5424
4	8.1942	3.1248	2.2333	1.2122	0.7131	0.3408	-0.5447	-0.4227	0.4854	-0.2762	0.0907	0.5486	-0.037	-0.3262	0.5211	0.3311	-0.0065	-0.0227	0.3029	-0.077	0.4268	19.1377	4.3128	14.2455
5	1.7772	0.8864	0.4466	1.0077	0.1293	0.9255	-0.0011	-0.0037	0.1133	-0.2402	-0.031	0.1492	0.0828	-0.0978	0.0326	0.3824	0.0198	0.0545	0.1737	-0.0256	0.3126	24.2204	-0.1544	6.2834
6	0.7342	-1.0209	-0.6407	2.9163	-0.5404	4.1363	-0.4671	0.2057	0.8049	-0.5186	0.1126	1.0799	0.1032	-0.8836	0.2681	0.4096	-0.0303	-0.068	0.314	0.0451	0.537	21.8624	15.8535	-1.7852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 184 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 260 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 261 through 297 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 298 through 473 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 474 through 511 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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