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- PDB-7wab: Crystal structure of the prolyl endoprotease, PEP, from Aspergill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wab
タイトルCrystal structure of the prolyl endoprotease, PEP, from Aspergillus niger
要素COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component shg1 family protein
キーワードHYDROLASE / Protease
機能・相同性Peptidase S28 / Serine carboxypeptidase S28 / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component shg1 family protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Miyazono, K. / Kubota, K. / Takahashi, K. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and substrate recognition mechanism of the prolyl endoprotease PEP from Aspergillus niger.
著者: Miyazono, K.I. / Kubota, K. / Takahashi, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component shg1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3845
ポリマ－54,4441
非ポリマー1,9404
水9,494527
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.517, 144.517, 56.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1096-

HOH

21A-1168-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 COMPASS (Complex proteins associated with Set1p) component shg1 family protein / prolyl endoprotease / PEP


分子量: 54444.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: A0A3F3RXI7
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 0.1M glycine buffer pH 2.5, 2.72M NaCl, 3% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.53 Å / Num. obs: 107457 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.783.60.422898124910.810.2450.491.875.6
9.09-44.537.30.03432244410.9990.0120.03732.488.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→17.14 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 5492 5.11 %
Rwork0.1639 101965 -
obs0.1654 107457 93.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.68 Å2 / Biso mean: 31.1361 Å2 / Biso min: 15.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→17.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3858 0 128 527 4513
Biso mean--41.33 38.69 -
残基数----484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.770.31161410.2342726286774
1.77-1.790.25361530.22842845299879
1.79-1.810.26111940.21212948314281
1.81-1.830.26491570.21663068322584
1.83-1.860.23431540.20873083323785
1.86-1.880.26611420.22713200334286
1.88-1.910.22822090.23633205341489
1.91-1.940.28661900.23853257344790
1.94-1.970.26442080.20873398360694
1.97-20.21621510.18523597374897
2-2.040.21741560.18193646380298
2.04-2.070.22372290.17453566379599
2.07-2.110.20761860.17683557374398
2.11-2.160.25261640.16843649381399
2.16-2.20.19632130.16413565377899
2.2-2.250.22541850.17563615380098
2.25-2.310.23131740.17563554372898
2.31-2.370.21382020.17853579378198
2.37-2.440.23421690.16963607377698
2.44-2.520.22242220.17763548377098
2.52-2.610.22041820.17673575375798
2.61-2.720.22332290.1793548377797
2.72-2.840.23041790.18163544372397
2.84-2.990.20711530.17213580373397
2.99-3.170.19311710.16763517368896
3.17-3.420.16311930.15263444363795
3.42-3.760.16631920.13633456364895
3.76-4.290.14092160.12183385360194
4.29-5.380.14521970.12913373357093
5.38-17.140.15931810.15683330351191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.75121.60853.30462.33031.63443.02060.1125-0.5890.40050.1368-0.11210.11960.0603-0.40630.01540.18310.00590.02360.23140.02680.35882.154851.0784-5.8928
23.2081.54250.55941.75820.52981.007-0.04450.12070.5174-0.0590.02980.0505-0.06470.07460.00320.17190.0183-0.03550.16220.03260.28311.875848.0256-9.6322
30.44860.1125-0.5360.4629-0.28050.93370.008-0.1419-0.01230.062-0.0699-0.05810.01370.1130.06390.1518-0.0136-0.04020.19330.01880.16590.967928.2566.7304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 102 )A43 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 103 through 172 )A103 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 526 )A173 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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