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- PDB-7w9x: Crystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with nickel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w9x
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis YugJ in complex with nickel
要素Iron-containing alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


butanol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1I1A1A01047141 韓国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Furan Aldehyde Reductase YugJ from Bacillus subtilis.
著者: Cho, H.Y. / Nam, M.S. / Hong, H.J. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-containing alcohol dehydrogenase
B: Iron-containing alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7364
ポリマ－86,6182
非ポリマー1172
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.664, 114.522, 118.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 and (name N or name...
21(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA28
12METMETHOHHOH(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - E1 - 5027
13METMETHOHHOH(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - E1 - 5027
14METMETHOHHOH(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - E1 - 5027
15METMETHOHHOH(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA - E1 - 5027
21HISHISLYSLYS(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB2 - 278 - 33
22SERSERSERSER(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB2834
23METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB - F1 - 5027
24METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB - F1 - 5027
25METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB - F1 - 5027
26METMETHOHHOH(chain B and (resid 2 through 27 or (resid 28...BB - F1 - 5027

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要素

#1: タンパク質 Iron-containing alcohol dehydrogenase


分子量: 43309.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii ATCC 6633 (バクテリア)
遺伝子: FAL52_14980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F2KLJ3
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 47100 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2297 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VLJ

1vlj


解像度: 2.151→29.288 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 2376 5.05 %
Rwork0.2032 44658 -
obs0.2051 47034 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.48 Å2 / Biso mean: 48.7395 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→29.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5707 0 2 116 5825
Biso mean--51.13 37.02 -
残基数----768
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3163X-RAY DIFFRACTION6.667TORSIONAL
12B3163X-RAY DIFFRACTION6.667TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.151-2.19490.31061480.2512251398
2.1949-2.24260.30111420.24242618100
2.2426-2.29480.26191270.22182597100
2.2948-2.35220.28481250.21612596100
2.3522-2.41570.29951240.22052621100
2.4157-2.48680.26331490.22012590100
2.4868-2.5670.2841380.21652587100
2.567-2.65870.28481470.21172620100
2.6587-2.76510.23991500.21582594100
2.7651-2.89080.25361370.2252633100
2.8908-3.0430.27461570.22952610100
3.043-3.23350.24661260.21712623100
3.2335-3.48280.25431440.21922648100
3.4828-3.83260.2391300.19332674100
3.8326-4.38560.20481220.17812665100
4.3856-5.51930.20331490.17472695100
5.5193-29.2880.20221610.1889277498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56580.8833-0.43852.87260.30373.96710.11050.1770.2078-0.27590.1903-0.245-0.91660.5159-0.29330.4303-0.09890.08430.3306-0.07620.265916.889515.1975-43.8051
21.6888-1.088-0.712.4003-0.99146.2823-0.08560.0022-0.2714-0.08120.070.13660.3132-0.05410.01670.1332-0.0312-0.02360.1592-0.02870.288111.4352-6.0566-34.4978
33.63430.0851-0.68762.0788-0.49253.1318-0.2107-0.2089-0.5081-0.02430.0805-0.35070.63850.79560.13140.29720.1653-0.00920.389-0.04070.410627.0387-12.3757-33.7986
40.87910.2548-1.26562.8071-0.79993.73990.2347-0.04070.26770.93710.10310.1671-2.0087-0.0646-0.32171.17620.10330.13370.273-0.02290.32625.876121.4534-11.7313
56.03982.32074.22382.56291.83988.46620.19910.0356-0.33350.33360.09530.1495-0.0269-0.0953-0.33770.19120.03660.01370.17590.04520.28772.8622-1.2352-13.9326
64.80990.03630.69592.50770.44524.42650.087-0.39380.10280.21890.1570.4228-0.157-1.3916-0.18490.28930.07610.04180.64760.10810.3501-12.5522-0.459-14.1766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 184 )A1 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 252 )A185 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 253 through 387 )A253 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 184 )B1 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 185 through 248 )B185 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 249 through 386 )B249 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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