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- PDB-7w9r: Crystal structure of V30M-TTR in complex with naringenin derivative-18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w9r
タイトルCrystal structure of V30M-TTR in complex with naringenin derivative-18
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Amyloidosis / Complex / Inhibitor / thyroxine
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-91C / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Katayama, W. / Shimane, A. / Nabeshima, Y. / Yokoyama, T. / Mizuguchi, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Chlorinated Naringenin Analogues as Potential Inhibitors of Transthyretin Amyloidogenesis.
著者: Mizuguchi, M. / Nakagawa, Y. / Inui, K. / Katayama, W. / Sawai, Y. / Shimane, A. / Kitakami, R. / Okada, T. / Nabeshima, Y. / Yokoyama, T. / Kanamitsu, K. / Nakagawa, S. / Toyooka, N.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3674
ポリマ－34,6852
非ポリマー6822
水84747
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7358
ポリマ－69,3704
非ポリマー1,3654
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.766, 84.477, 64.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

91C

21B-201-

91C

31B-201-

91C

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 17342.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-91C / (2~{R})-2-[3,5-bis(chloranyl)-4-oxidanyl-phenyl]-5,7-bis(oxidanyl)-2,3-dihydrochromen-4-one


分子量: 341.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10Cl2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, NaOAc, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→35.57 Å / Num. obs: 15855 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1498 / CC1/2: 0.882 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4n85

4n85


解像度: 1.997→29.954 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 792 5 %
Rwork0.1753 --
obs0.1777 15838 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→29.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 44 47 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8642560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.155674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.997-2.12180.30581280.22912433X-RAY DIFFRACTION96
2.1218-2.28560.2281300.19192473X-RAY DIFFRACTION97
2.2856-2.51550.27011310.19432483X-RAY DIFFRACTION97
2.5155-2.87920.28171330.19412529X-RAY DIFFRACTION98
2.8792-3.62650.22471340.17592542X-RAY DIFFRACTION98
3.6265-29.9540.19071360.15732586X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.3187 Å / Origin y: 12.5252 Å / Origin z: -16.186 Å
111213212223313233
T0.2827 Å20.0134 Å20.0102 Å2-0.273 Å20.0218 Å2--0.3072 Å2
L0.7537 °20.1465 °20.2802 °2-1.0977 °20.034 °2--1.4243 °2
S-0.0568 Å °0.0656 Å °0.1809 Å °-0.0295 Å °0.0049 Å °-0.0105 Å °-0.1375 Å °0.038 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: not resname HOH and not resname AGS and not resname MG and not resname ADP and not resname PO4 and not resname K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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