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万見
- PDB-7w8m: Crystal structure of Co-type nitrile hydratase mutant from Pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w8m
タイトルCrystal structure of Co-type nitrile hydratase mutant from Pseudomonas thermophila - A129R
要素
  • Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
  • Nitrile hydratase
キーワードLYASE / hydratase / catalyze the hydration of nitriles to form amides
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile catabolic process / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain ...Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / nitrile hydratase / Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudonocardia thermophila DSM 43832 (バクテリア)
Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma, D. / Cheng, Z.Y. / Hou, X.D. / Peplowski, L. / Lai, Q.P. / Fu, K. / Yin, D.J. / Rao, Y.J. / Zhou, Z.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: Insight into the broadened substrate scope of nitrile hydratase by static and dynamic structure analysis.
著者: Ma, D. / Cheng, Z. / Peplowski, L. / Han, L. / Xia, Y. / Hou, X. / Guo, J. / Yin, D. / Rao, Y. / Zhou, Z.
#1: ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of cobalt-containing nitrile hydratase.
著者: Miyanaga, A. / Fushinobu, S. / Ito, K. / Wakagi, T.
履歴
登録2021年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0193
ポリマ－49,9602
非ポリマー591
水1,856103
1
A: Nitrile hydratase
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子

A: Nitrile hydratase
B: Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0396
ポリマ－99,9214
非ポリマー1182
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area21490 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area32890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.517, 65.517, 183.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Nitrile hydratase


分子量: 23290.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila DSM 43832 (バクテリア)
遺伝子: SAMN05443637_10361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M6Q338, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Cobalt-containing nitrile hydratase subunit beta / L-NHase / L-nitrilase


分子量: 26669.760 Da / 分子数: 1 / Mutation: A129R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudonocardia thermophila (バクテリア)
遺伝子: SAMN05443637_10360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID3, nitrile hydratase
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, HEPES-NaOH, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→22.37 Å / Num. obs: 14569 / % possible obs: 96.94 % / 冗長度: 1.82 % / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 12.087 / Net I/σ(I): 12.27
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRsym valueDiffraction-ID
2.598-2.69262260.2091
2.69-2.798237490.1771
2.798-2.925211460.161
2.925-3.079185070.1291
3.079-3.271158460.1051
3.271-3.523131850.0791
3.523-3.876105570.0691
3.876-4.43379100.0581
4.433-5.57152470.0631

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
SAINTV8.38Aデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IRE

1ire


解像度: 2.6→22.37 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 721 4.95 %
Rwork0.1774 13848 -
obs0.1805 14569 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.8 Å2 / Biso mean: 17.4282 Å2 / Biso min: 4.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→22.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 1 103 3577
Biso mean--24.76 20.25 -
残基数----431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.80.25821550.19582693284899
2.8-3.080.26211640.196827222886100
3.08-3.520.22751240.17072778290299
3.52-4.430.21741420.15592787292999
4.44-22.370.24781360.18642868300497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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