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- PDB-7w8d: The structure of Deinococcus radiodurans RuvC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w8d
タイトルThe structure of Deinococcus radiodurans RuvC
要素Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
キーワードHYDROLASE / holliday junction resolvase / DNase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA repair / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75016129042 Å
データ登録者Cheng, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100017 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Biochemical and Structural Study of RuvC and YqgF from Deinococcus radiodurans.
著者: Sun, Y. / Yang, J. / Xu, G. / Cheng, K.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
B: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3883
ポリマ－39,3642
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.200, 72.770, 112.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Holliday junction nuclease RuvC / Holliday junction resolvase RuvC


分子量: 19681.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: ruvC, DR_0440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RX75, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1M HEPES (pH 7.8), 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→27.71 Å / Num. obs: 9594 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 57.4767212532 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.722 / Num. unique obs: 674

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EP4

4ep4


解像度: 2.75016129042→27.705522236 Å / SU ML: 0.400409488542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3549347961 / 位相誤差: 32.9446404357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.30581259884 434 5.2798053528 %
Rwork0.273390366557 7786 -
obs0.275071348481 8220 88.7976666307 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.2475739321 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75016129042→27.705522236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 1 0 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004365751777742388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7573084139063231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045050258135374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00387810933674414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.88076030121441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7502-3.14760.354207093031450.3291834929912613X-RAY DIFFRACTION91.5974759216
3.1476-3.96380.3009964978271490.3009843052622552X-RAY DIFFRACTION88.8486842105
3.9638-100.2943595734821400.2405680195482621X-RAY DIFFRACTION86.1197754211
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.9841384343 Å / Origin y: 24.6401043917 Å / Origin z: 11.5409278192 Å
111213212223313233
T0.351284783604 Å20.00927308806243 Å2-0.0152024090477 Å2-0.44521585822 Å20.0615401103552 Å2--0.246525249017 Å2
L2.2959500313 °20.432664519325 °20.296987623653 °2-6.51778871726 °20.704667782685 °2--2.58287701216 °2
S-0.191369179879 Å °0.30636368511 Å °0.154183344965 Å °-0.848049081646 Å °-0.0270271277891 Å °-0.0487852236604 Å °-0.168455967225 Å °0.0282271498843 Å °0.220023430734 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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